【摘 要】
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通过对鹌鹑肠道微生物总DNA不同提取方法的效率进行比较,探讨DNA质量以及PCR-DGGE反应条件对研究鹌鹑肠道微生物多样性的影响。本试验利用常规的饱和苯酚/氯仿法和3种试剂盒(
【机 构】
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环境保护部南京环境科学研究所,东南大学能源与环境学院
【基金项目】
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转基因生物新品种培育重大专项(2013ZX08011-003,2014ZX08011-003,2013ZX08012-005,2014ZX08012-005);环保公益行业专项(201309038)
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通过对鹌鹑肠道微生物总DNA不同提取方法的效率进行比较,探讨DNA质量以及PCR-DGGE反应条件对研究鹌鹑肠道微生物多样性的影响。本试验利用常规的饱和苯酚/氯仿法和3种试剂盒(QIAGEN试剂盒、上海生工试剂盒、天根试剂盒)方法提取鹌鹑肠道微生物总DNA,分别以细菌V3可变区引物和V6-V8可变区引物以及不同退火温度进行PCR-DGGE分析。QIAGEN试剂盒法提取的肠道微生物总DNA的A260/A280值在1.8-1.9之间,浓度约200 ng/μL,DGGE微生物多样性条带均匀度均高于其他3种提取方法。此外,利用不同引物扩增的DGGE图谱发现,以V6-V8可变区引物扩增的DGGE图谱条带均匀,分离充分,较V3可变区更能反映鹌鹑肠道微生物种群的多样性;同时,随PCR退火温度的升高,V6-V8可变区的微生物多样性指数下降,V3可变区的微生物多样性则无明显变化。
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