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以PCR为基础的分子标记以及其他检测技术的发展，使得大规模的标记分析成为现实。这也为通过大群体标记分析，然后基于基因型选择挑选合适的小群体，从而提高QTL定位准确性和精度提供了可能。以一个包含294个家系的重组自交系（RIL）群体为例，通过基因型选择和随机选择的办法产生了一系列大小不等的亚群体，比较了两类群体QTL定位的结果。分析表明：相同大小的基因型选择群体与随机群体相比性状的表型分布都符合正态分布；标记的偏分离情况也没有明显的差别，都随着群体大小的增大，偏分离的比例也逐渐增大。但同等大小的基因型选择群