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基于时变参数的状态空间模型，利用我国1990--2007年的创新活动数据，实证分析了创新环境因素对创新产出效率的影响。研究结果表明：企业高校研究机构创新主体的创新活动、政府作用和知识流动能力对自主创新的影响存在较大差异，近年来，以教育投入衡量的人力资本的创新作用呈陡然下降趋势，2000年以来起到抑制作用；创新主体的创新活动对创新产出起到抑制作用，并且尚未跨越最低“门槛”；政府投入的增加和知识流动能力增强对自主创新能力的提升起到明显的促进作用，