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根据GenBank中的GhPEPC1(登陆号:AF008939)的开放阅读框设计引物,运用PCR技术分别得到棉属16个种的PEPC同源基因全长序列.序列比对结果表明,核苷酸和氨基酸的序列差异除长萼棉外分别是0.3％～9.8％和0.2％～18.8％.利用核苷酸序列构建的NJ和ME系统进化树对它们的亲缘进化关系进行了分析,其中陆地棉和海岛棉、草棉和亚洲棉、瑟伯氏棉与雷蒙德氏棉等分别聚为一类,结果与前人按染色体组型对棉花的分类结果基本一致,并且从本结果可推测出四倍体棉种可能由草棉和瑟伯氏棉的染色体组复合而成.