苹果在贮藏期有生理病害和真菌病害两大类病害，会引起烂果。做好防治对苹果的长期贮藏、保鲜和增值具有重要意义。
　　1.生理病害及防治技术。贮藏期生理病的发生与果实采收期有着密切的关系，适时采收是防止该类病害发生的重要措施之一。苹果苦痘病是缺钙造成的，在果实采收后可用2％～4％的氯化钙溶液浸果，并注意入贮果实前期温度不应过高，以避免该病的大量发生；苹果虎皮病是因果实成熟度不够而早采引起的，可在果实采收后，用500～1000毫克／千克的卵磷脂液浸果，并尽快进入低温条件贮存：果肉褐变是因低温、缺氧和二氧化碳中毒造成，防止果肉褐变要抓好适期入贮，同时掌握贮存温度及调节好氧气(2％～4％)和二氧化碳(3％～5％)浓度。
　　2.真菌病害及防治技术。真菌病害包括轮纹病、炭疽病、青霉病和霉心病等，因这几种病害在果实生长发育期间也会大量发生，故除在生长期加强防治外。在果实入库前要严格选果，防止病虫果入库。防治轮纹病和炭疽病。采前喷50％多菌灵或50％甲基托布津800倍液，均有较好的效果。贮藏前用500～1000倍50％多菌灵或800倍50％甲基托布津药液浸泡果实。也可用仲丁胺药或多功能保鲜纸包果。同时，贮藏期要适当降低贮藏室温度，若用气调，应适当提高二氧化碳浓度，降低氧的浓度。防治青霉病：①入贮前两周对贮藏场所用硫磺熏蒸，每10立方米空间用硫磺100～200克，也可用50％福尔马林500倍液喷洒消毒，每10立方米空间用0.5千克药液。②人贮前用500-1000倍甲基托布津或多菌灵浸果。③贮藏温度应保持1～2℃，并经常清除病果。防止苹果霉心病，应在贮藏期保持5℃以下的低温。