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目的:评价我国制药产业创新不同参与者对创新全要素生产率的影响程度。方法:采用基于数据包络分析(DEA)方法的Malmquist指数法,在合理选取测度指标的基础上,采用1995-2010年16年我国制药业数据进行了实证研究。结果与结论:我国医药制造业技术效率的提高快于技术进步的提高,企业作为创新主体已逐渐在产业创新系统中发挥主导作用;我国政府仍需继续强化企业在医药产业创新系统的主体地位,同时加强政府政策和科研机构对产业创新的引导与支持作用。