【摘 要】
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转录后调控子Crc蛋白(catabolite repression control protein)在防御假单胞菌(Pseudomonas protegens) H78中发挥着重要的代谢调控作用。运用RNA-seq (RNA sequencing)技术,针对H78
【机 构】
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上海交通大学生命科学技术学院; 微生物代谢国家重点实验室; 上海; 200240;
【基金项目】
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本研究由国家自然科学基金(No.31270083, 31470196)资助
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转录后调控子Crc蛋白(catabolite repression control protein)在防御假单胞菌(Pseudomonas protegens) H78中发挥着重要的代谢调控作用。运用RNA-seq (RNA sequencing)技术,针对H78野生型和H78Δcrc突变株开展比较转录组学研究,利用COG (clusters of orthologous groups of proteins)、KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)数据库对受到Crc调控的基因进行功能分类。转录组结果显示:Crc突变导致218个基因的转录子水平发生两倍以上的显著变化,其中105个基因表达上调,113个基因表达下调。Crc蛋白对碳、能量、脂肪及氨基酸代谢、抗生素合成等次级代谢具有全局调控作用,比如,脂质转运和代谢的基因簇(H7800275-00283)表达显著下调约2.78.1倍,能量生产和转换的cyoA2B2C2D2E1基因簇(H7805248-05252)基因表达显著下调约3.4倍,调控氨基酸转运与代谢的H7804826astAA4DB基因簇(H7804822-04826)基因表达显著上调约4倍,抗真菌剂藤黄绿菌素(pyoluteorin, Plt)的合成基因簇(pltLABCDEFG)、转运基因簇(pltIJKNOP)表达下调平均约3倍,而调控基因簇(pltR, pltM, pltZ)的表达平均下调不足2倍,整体上Plt合成受到Crc的显著正调控。Crc转录组学结果为进一步开展Plt等抗生素合成的分子调控网络与代谢工程研究奠定基础。
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