蛋白质折叠的非格子模型

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【摘要】

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用粒子群算法对蛋白质的简化模型进行研究，体系中各原子间的相互作用由一物理势表示．通过全局优化体系的势函数得到蛋白质的结构数据，与实验测得的结构数据之间的均方根偏差RMSD

【作者】

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谭晓超何红波李义兵

【机构】

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中南大学物理科学与技术学院

【出处】

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计算物理

【发表日期】

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2007年2期

【关键词】

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非格子模型 PSO算法蛋白质折叠 off-lattice model PSO algorithm protein folding

【基金项目】

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国家自然科学基金（批准号,60371046）资助项目

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用粒子群算法对蛋白质的简化模型进行研究，体系中各原子间的相互作用由一物理势表示．通过全局优化体系的势函数得到蛋白质的结构数据，与实验测得的结构数据之间的均方根偏差RMSD为·6．12A．记录了能量最小值及回转半径随程序运行步骤的变化以及RMSD值与最低能量值的分布关系，这些结果反映了蛋白质折叠的一些基本特征．

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