家庭医生上门服务存在安全、监管等方面的风险。
　　對家庭医生来说主要是人身安全风险。目前医患纠纷数量不少，解决医患矛盾又往往相当艰难。在医疗机构内医生人身安全都不一定能得到保护，如果上门服务，医生面对的情况可能更为复杂。此外，医护人员也面临职业暴露或损伤的潜在威胁，据相关统计35%的医生和 6.5%的护士在家庭医疗服务中至少经历过1次锐器损伤。
　　对病患来说，安全风险主要是指在家庭就诊可能引发的感染、诊疗意外等风险。家庭医生上门服务，必然要提供检查和诊断，甚至要提供一些基础治疗，如肌注、补液等。但家庭不同于医院，没有医院那样严格的消毒制度，也没有抢救设施和辅助医疗人员，一旦发生严重意外，几乎无法迅速、就地处理。有研究表明，接受上门服务的患者中，有约14%的人经历过1次医疗安全不良事件，其中20%～30% 的患者经历过药物不良反应。
　　就监管层面而言，监管家庭医生上门服务是否规范也比监管医疗机构难度更大。家庭医生常一人上门独立进行医疗服务，医生是否按照诊疗常规进行诊疗、是否规范书写病史、规范操作、正确处置医疗废弃物等，难以实时监管。一旦出现纠纷，可能出现医生说不清、病患举证难等各种问题。
　　但是，尽管有种种风险可能，家庭医生制度从大方向看依然值得大力推广。监管部门可从两方面对风险进行预防：一是医患配合，细化家庭医生执业规范，要求家庭医生规范诊疗、操作、病历记载，要求病患对家庭医生的规范操作给予监督并签字确认。此举也可最大限度避免诊疗过程中发生意外。二是参照警察执法，给家庭医生配备录音、录像设备，对诊疗过程和操作证据进行固定，这样即使发生纠纷，也可尽快查清事实，避免取证难等问题。