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以“两型社会”建设综合配套改革试验区为例，综合运用生态服务价值和生态足迹的理论和方法，来解决跨区域的生态补偿问题。根据正负值来界定应该支付或获得生态补偿，若EG〉0，则该地区应获得生态补偿，反之该地区应支付生态补偿。结果表明：武汉经济圈应支付126671．776万元，长株潭经济圈应支付59639．16万元的生态补偿，同时也表明两试验区在经济发展中消耗其他区域资源，因此应提倡走集约化经济发展方式，提高生产效率，降低能源消耗，这也正是“两型社会”建设目的所在。