基于分子动力学模拟的VmoLac非特异性底物催化活性的理论研究

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采用分子动力学模拟方法研究了VmoLac的非特异性底物催化活性,模拟了VmoLac/3-oxo-C10-AHL,VmoLac/3-oxo-C6-AHL,VmoLac/γ-nonalacton和VmoLac/ethyl-paraoxon 4个复合物.分析了分子动力学模拟过程中不同底物结合引起VmoLac构象变化的主要原因.结果表明,3-oxo-C10-AHL和γ-nonalacton的结合会使VmoLac活性口袋附近的Loop8结构域运动明显,利于底物结合在Loop8疏水通道外侧进而引起催化反应;VmoLa
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