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厌氧微生物在环境工程中有着重要的作用，应用于水产养殖过程中的厌氧微生物根据应用形式可以分为单一厌氧微生物制剂和复合厌氧微生物制剂。具备类似有益功能的同属厌氧微生物形成的产品称为单一厌氧微生物，例如芽孢杆菌、乳酸菌、光合细菌等，复合厌氧微生物是指由多种具有益生功能的不同属的多个细菌组成的厌氧微生物制剂，例如水产常用EM菌、复合型生物活性净水剂等。