【摘 要】
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使用计算机模拟数据和真实的芯片数据,对8种筛选差异表达基因的方法进行了比较分析,旨在比较不同方法对基因芯片数据的筛选效果。模拟数据分析表明,所使用的8种方法对均匀分布的
【机 构】
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南京林业大学国家林业局、江苏省林木遗传和基因工程重点实验室
【基金项目】
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江苏省自然科学基金“重要模式树种(杨树和杉木功能基因组学研究)”项目(编号:BK2003213)资助~~
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使用计算机模拟数据和真实的芯片数据,对8种筛选差异表达基因的方法进行了比较分析,旨在比较不同方法对基因芯片数据的筛选效果。模拟数据分析表明,所使用的8种方法对均匀分布的差异表达基因有很好的识别、检出作用。算法方面,SAM和Wilcoxon秩和检验方法较好;数据分布方面,正态分布的识别效果较好,卡方分布和指数分布的识别效果较差。杨树cDNA芯片分析表明,SAM、Samroc和回归模型方法相近,而Wilcoxon秩和检验方法与它们有较大差异。
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