【摘 要】
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亚洲栽培稻分为籼稻(hsien或indica)和粳稻(keng或japonica)两个亚种.基于籼-粳稻叶绿体DNA(cpDNA)的Pst I-12片段ORF100区域的序列差异,即籼稻cpDNA的ORF100区域缺失69 bp的
【机 构】
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福州海关技术中心,福建省检验检疫技术研究重点实验室 福州350001
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亚洲栽培稻分为籼稻(hsien或indica)和粳稻(keng或japonica)两个亚种.基于籼-粳稻叶绿体DNA(cpDNA)的Pst I-12片段ORF100区域的序列差异,即籼稻cpDNA的ORF100区域缺失69 bp的碱基片段,建立籼-粳稻亚种鉴定方法.本文选择典型的籼稻谷(米)样品(台籼11号)和粳稻谷(米)(东北珍珠大米)进行叶绿体DNA(cpDNA) Pst Ⅰ-12片段的ORF100区域DNA的SYBR-Green实时荧光PCR扩增和测序,在籼-粳稻2个PCR产物序列比对的基础上,设计正向引物4条(F1-F4)、反向引物3条(R1-R3),组合成12对引物进行优化筛选,选出F4R1引物对.在粳稻样品中,检出cpDNA PCR产物片段长度为204 bp(非缺失型),荧光PCR扩增熔解温度Tm值为78.00;在籼稻样品中,检出cpDNA PCR产物片段长度为135 bp(cpDNA缺失型),荧光PCR扩增熔解温度Tm值为76.50.建立了籼-粳稻亚种SYBR-Green实时荧光PCR鉴定方法.基于上述实验结果,选择国内多个省份的典型籼/粳稻品种与籼/粳型杂交稻组合共538个,对该籼粳稻米亚种鉴定方法进行验证.在177个粳稻及粳型杂交组合样品中,cpDNA荧光PCR熔解温度Tm值为78.00的样品170个,与粳稻符合率为96.05％,Tm值为76.50的7个样品,不符合率为3.95％;在361个籼稻及籼型杂交稻样品中,Tm值为76.50的样品331个,与籼稻符合率为91.69％,Tm值为78.00的30个样品,不符合率为8.31％.本方法只检测一个遗传稳定的细胞质叶绿体DNA位点,用于籼-粳稻米的亚种鉴定,简便高效,准确率高.
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