专业申报和审批是高校和上级主管部门每年都要进行的重要工作。对于学校而言，申报专业是学校获取办学资源的行为；对于教育行政主管部门而言，专业审批是对专业资源使用权的资格认证，是一种资源配置行为。学校设置专业，须获得设置资格，这就要向主管部门申报。主管部门应根据高等教育的专业结构布局、学校的学科属性进行审批把关，这似乎顺理成章、合乎逻辑。
　　但是，如果将专业申报与审批放到更为宏观的环境中考察，就会发现传统的专业申报与审批制度已经表现出诸多的不适应，甚至对高校的办学构成了某种阻碍，需要进行“适应性”改革。
　　首先，市场化的社会经济发展模式使产业结构和布局具有更大的随机性。任何一个区域的经济结构都表现出“全科”的属性。与此相应，学校需要根据所在地域的经济发展状况及时设置新专业以满足社会的人才需求。这样，按照传统的经济结构与布局，学校原有学科“属性”审批专业的做法显然与学校的实际办学需求和学校所在地域的人才需求状况相矛盾。
　　其次，高校已经成为面向社会自主办学的独立“法人”，根据发展需要独立设置专业是《高等教育法》赋予高校的权利。专业审批这一行政行为不能也不应该越过“法”的界限。如果一个学校愿意申报某专业并且具备相关条件，教育主管部门就不应以“受控”为由剥夺学校的权利。
　　再次，高校已经基本具备传统学科基础所能支撑的专业，新拓展出来的学科基础则相对薄弱，缺乏专业拓展能力；高等教育发展趋于稳定，招生计划增长空间缩小并开始呈现萎缩的趋势，“生源”市场开始显现；政府对高等教育质量更加重视，社会监督也在加强。这一切使高校对于新专业需求的迫切性明显降低，专业设置开始步入“理性”轨道。
　　介于客观环境的变化和高校“主体”的成熟，笔者认为，专业设置的管理方式应由传统的“计划”管理向“市场”管理转变，即由重视审批向重视质量评估转变，由资源分配向资源调控转变。
　　一是将专业设置权放给高校。专业作为一种办学资源，应主要由“市场”来配置。教育行政主管部门需要审核学校有无设置某一学科或专业的资格，而已有学科门类范围内的专业设置则由学校自己确定。
　　二是对新专业设立最低准入门槛。比如，申报学科门类设置资格时须有师资数量的规定，每增加一个专业应有相应的师资增长。对于达到基本标准的专业不进行控制性、平衡性删减，这样可以改变由于担心审批不过而“重申报、轻建设”的状况。
　　三是加大对专业设置质量的评估。凡是评估不合格的，将撤销此学科门类的专业设置资格。通过评估和信息发布引导社会对于专业的选择，让各高校的专业在市场竞争中优胜劣汰。另外，要限制学校申报专业的数量，应以学校的学科门类和专业数量作为基础，不要一刀切。
　　值得一提的是，省属本科院校的专业设置应由省教育行政部门进行审批和评估。教育部对省属高校进行抽样评估，并将抽查结果与对该省的总体“制裁”相结合。这样既有利于提高省级政府的统筹能力和责任，发挥省级主管部门的积极性，也有利于提高专业设置对地方经济发展的适应性。