江苏省作为我国的经济强省，2010年的地区生产总值突破4万亿大关，紧随广东省排名全国第二。南京作为江苏的省会，聚集了全省大部分的科研机构和高等院校，科技研发能力领先全省其他县市。《南京市科技发展“十一五”规划纲要》明确指出，到“十一五”期末，要将南京建设成具有较强辐射和带动能力以及显著集聚效应的区域性高新技术研发中心和产业化基地，使得南京初步成为拥有自主创新能力的创新型城市。本文选择R&D投入产出效率作为文章的切入点，通过建立R&D投入产出效率的评价指标体系作为评价南京R&D能力的手段和依据，并针对研究中发现的问题对南京市R&D资源的分配利用提供相应的对策和解决措施。本文共分为五章，包括如下几个部分:第一章，绪论。首先介绍了本文的研究背景及意义；然后对国内外学者在R&D效率研究上的进展和趋势进行系统综述，并在此基础上确定本文的研究思路和研究方法。第二章，概念与R&D资源分布描述。首先介绍R&D的相关概念；然后结合数据分析了南京市R&D资源的分布状况，并发现一些需要解决的问题。第三章， R&D综合评价指标体系的构建。分别构建了基于DEA和SFA方法的指标体系，并对两种方法的原理进行介绍。第四章，实证分析。首先利用DEA和SFA方法对比研究南京市和其他地区的R&D投入产出效率，然后对两种方法得出的效率值进行对比分析，并得出相关分析结果。第五章，对策建议与展望。以上文研究为基础，针对研究中发现的问题，提出相应建议。在肯定本文的学术及现实价值的同时，为R&D效率的进一步研究指明可行的改进方向。