目前，感染性疾病的表现呈4项特点：①新的病原体及其所致的感染疾病患不断出现。②许多传统的老病原体出现了临床新问题，对实验诊断提出了新的要求。③新老病原体的耐药性明显增強，不仅带来治疗上的困难，也向实验诊断提出了挑战。④临床微生物学诊断技术的不断进步，明显提高了诊断的敏感性、特异性和及时性。因此要重视临床微生物学检验及存在的问题。
　　
　　及时、准确的病原菌诊断
　　
　　（1） 提高送检标本质量。 ①痰标本：由于痰标本绝大多数仍以自然咳痰方式采取，因而易受上呼吸道分泌物污染，因此，确定痰标本的质量非常重要。根据痰涂片镜检中的白细胞，鳞状上皮的量来判定标本是否合格。②脓及分泌物标本，取材不好往往培养出多种细菌，少则2~3种，多则6~7种，实际这些细菌并非引起感染的真正病原，而多是在创面上生长的杂菌，因此一定要采深部分泌物，必要时采取创面和健康部位相接的少量组织进行培养。③中段尿标本：“中段尿”培养结果往往和临床不符，其原因一是病人未经消毒，直接留取标本；二是尿液不做细菌计数，而以培养结果为准，因而造成假阳性；三是尿液标本未能及时送到实验室，尿液中营养物质丰富，使得污染菌大量繁殖，造成细菌菌数假性增高，从而导致错误的病原学诊断。
　　 （2）提高病原菌的检出率：引起呼吸道疾病的病原菌有：流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、β-溶血性链球菌、脑膜炎奈瑟氏菌等。从咽拭子、脑脊液和血液等标本中很难分离出这些细菌。因此病原菌的分离鉴定、药敏试验，不仅是临床迫切需要，而且是衡量一个细菌室技术水平和人员素质的重要标志。
　　（3）厌氧菌培养：由于诸多因素造成开展厌氧菌检验不广泛、不深入。实际上临床厌氧菌感染范围广、感染率高，近年资料表明，肌坏死、腹膜炎等厌氧菌感染率分别高达100%、94%，如果不开展厌氧菌培养，就漏掉了感染的病原菌、延误治疗。
　　（4） 做好在职人员培训和再教育 这关系到学科的发展和梯队建设，并与提高临床微生物检验的质量和水平密切相关，应积极鼓励青年技术人员掌握本学科的新动向，新知识和新技能，要制订明确的培养计划和目标，并定期进行理论和操作技能考试，为进一步与国际拉轨，实行实验室认证和操作人员资格认定做好准备。
　　（5）做好临床微生物质量控制工作 质量控制是临床微生物学检验的质量保证，我们要从标本质量、检验人员的操作质量及实验所作仪器和试剂质量、结果解释和报告等入手，坚持不放过每个影响质量的环节。
　　
　　医院感染的监控
　　
　　医院感染的监测包括：病人的准确统计、病原体和耐药性的精确分析、消毒灭菌的质量控制、危险因素的相关分析，相关病区重点监测，医院感染暴发流行的及时发现和控制以及病人、医护人员和环境的消毒隔离。
　　
　　细菌耐药性监控
　　
　　与国外相比，我国细菌耐药监测工作还存在较大差距，一方面，国内此项工作开展不够普遍；另外有些监测工作还缺乏规范性的连续性，我们不仅要进行各医院的监测，还要协助有关部门进行地区性监测，甚至全国范围的监测，进一步与国际接轨和交流，鉴于目前耐药性问题及耐药性问题的日趋严重，应准确地做好常规的抗生素敏感试验，并保存有关的菌种和数据以便进一步分析。
　　
　　帮助临床合理应用抗生素
　　
　　 过去细菌学检验工作只注重准确的细菌学报告，不太关心临床实际的治疗效果，注重准确的细菌学结果固然重要，但这不应是我们工作的全部，检测病原微生物对抗生素的敏感性是临床微生物实验室最重要的任务之一。抗生素敏感性检测的主要目的是预测抗生素的治疗效果，并帮助临床医生针对某一特定的临床感染问题选择最合适的药物。临床微生物工作者不仅要求用正确、迅速的手段检出病原体，而且要给临床提供可能存在的耐药机制，帮助临床合理应用抗生素。