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一种以PCR介导的、可对任意长度靶DNA片段上的核蛋白结合位点进行DNA足纹作图分析的新方法.原理是：采用被随机降解靶DNA分子作为模板，用标记的跨越整个模板的足够多条特异性引物进行单链扩增.首先，利用某种化学试剂或酶如DNaseⅠ对已与蛋白质结合或未结合的双链靶DNA进行随机降解，在一定条件下使每一个DNA分子恰好只有一个位点被切割.然后，这些被随机降解DNA分子即可作为模板，用同位素标记的跨越整个模板的足够多条特异性引物（正向或反向）进行单链扩增.最后，扩增的单链产物通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和放射自显影形成DNA片段梯队，而被蛋白质保护的位点则在DNA片段梯队中形成位置缺口，从而确定DNA与蛋白质相结合的精确位点.该方法被应用对人干细胞因子基因5′旁侧－1190～－273区域的DNA足纹部分作图.