【摘 要】
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目的 研究冠状病毒转录调控序列(TRS)基序突变,为深入研究冠状病毒的爆发、传播规律以及开发减毒活疫苗等提供理论基础.方法 采用进化与分子功能联合分析法,对公开的全部套目病毒基因组数据进行分析.结果 冠状病毒基因组内的前导转录调控序列(TRS-L)通常由其5\'端非编码区内的前60～70个核苷酸残基组成,长度不同的基因体转录调控序列(TRS-B)位于除ORF1a和1b外的其它基因紧邻的上游,每个冠状病毒基因组的TRS-L和TRS-B共有一段特定的一致性序列,即TRS基序,TRS基序中出现的碱基变化叫做
【机 构】
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广东省农业科学院农业生物基因研究中心,广东 广州 510275;南开大学生命科学学院,天津 300071;南开大学数学科学学院,天津 300071;英国诺丁汉特伦特大学生物科学系,诺丁汉 NG118N
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目的 研究冠状病毒转录调控序列(TRS)基序突变,为深入研究冠状病毒的爆发、传播规律以及开发减毒活疫苗等提供理论基础.方法 采用进化与分子功能联合分析法,对公开的全部套目病毒基因组数据进行分析.结果 冠状病毒基因组内的前导转录调控序列(TRS-L)通常由其5\'端非编码区内的前60～70个核苷酸残基组成,长度不同的基因体转录调控序列(TRS-B)位于除ORF1a和1b外的其它基因紧邻的上游,每个冠状病毒基因组的TRS-L和TRS-B共有一段特定的一致性序列,即TRS基序,TRS基序中出现的碱基变化叫做TRS基序突变.TRS基序突变如果发生在TRS-L或多个TRS-B中,会形成超级减毒株.超级减毒株的扩散,可引起无症或轻症感染者增多,潜伏时间长,以及漏检率上升等问题,对SARS-CoV-2的防控提出新的挑战.超级减毒株还会增大与人类长期共存的概率,将长期威胁人类健康.Delta突变株与此前出现的突变株有显著不同,如果不高度重视,可能引起大规模传播.带TRS基序突变的Delta突变株已经在新加坡出现并有扩散趋势,因此新加坡,甚至东南亚可能形成下一波疫情的传播中心.结论 各种SARS-CoV-2突变株都将产生TRS基序突变,只有带TRS基序突变的超级减毒株,才能最终失去跨物种传播和大爆发的能力.
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