【目的】在分子水平上研究酸枣遗传多样性和群体遗传结构,为酸枣种质资源的保存、利用及分子辅助育种提供依据。【方法】利用5对SSR引物对来自陕西黄河沿岸3个自然群体的50个不同酸枣样品进行了遗传多样性检验和群体结构分析。【结果】共检测到64个等位基因,每个位点的等位基因数为8~16,平均等位基因数为12.8。供试酸枣群体观测杂合度(Ho)为0.580~0.940,期望杂合度(He)为0.670~0.884,平均Ho和He分别为0.812和0.805;群体内变异(97%)远大于群体间变异(3%);群体间基因流指数(Nm)较高,平均为9.125。在遗传相似系数为78%时,供试的50个酸枣样品聚为3个类群:树性为乔木,枝、叶及果实表型类似于栽培枣的过渡型;树性为乔木,枝、叶的一种或二者皆与栽培枣形态一致,果实是酸枣性状的半过渡型;普通灌木型酸枣。【结论】陕西境内黄河沿岸的酸枣遗传多样性丰富,变异程度较高;亚群间的遗传分化程度很低,基因流较大;聚类分析结果表明,遗传关系与表现型特征关系密切,而与地理区域无明显关系。