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用自由能微扰方法(FEP)计算了两种hydroxamate类的抑制剂和MMP-3的相对结合自由能.在计算中,对于催化区的锌离子与其共价结合的配体(包括抑制剂和组氨酸)采用了键合的模型,抑制剂和周围配体的部分电荷的计算采用两步静电势收敛方法.自由能计算采用了慢增长(Slow growth)和固定窗口增长(Fixed width window growth)两种方法,并且在每次计算中都采用了双向采样(Double-wide sampling)的策略.两种方法计算得到的相对结合自由能都能和实验值很好的符合.同时