考虑具有相同的投入和产出的两阶段决策单元的固定成本分摊问题。将待分摊的固定成本作为一种新的投入,建立两阶段加性DEA模型。首先证明了各决策单元从自身角度出发可以找到至少一种分摊方案,使其自身整体和阶段效率都达到Pareto有效。然后证明了在公共的权重下,至少存在一种分摊方案可以使得各决策单元整体和阶段效率都达到Pareto有效。并给出了这样的有效成本分摊方案集。为了得到公平的成本分摊方案,定义了各DMU各阶段对分摊方案的满意度,最大化最小的满意度,可以得到最终的成本分摊方案。将问题拓展到两阶段存在共享投入的生产系统中,这些性质定理同样成立。数值算例部分将本文与Yu等(2016)的研究结果进行了对比,验证了本文方法的有效性,指出了本文方法的优越性。本文的方法综合考虑了效率和公平,得到的固定成本分摊方案公平合理。