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有益微生物是指能够提高水产养殖动物产量、提高其抗病能力及改善水质环境的微生物,包括光合细菌、乳酸杆菌、放线菌、硝化和反硝化菌、双歧杆菌、酵母、真菌等,一般不包括真核生物的微藻。用有益微生物制成的活菌制剂,被称为微生态制剂,又称益生素、促生素、竞生素等。有益微生物主要有:通过生物夺氧,创造厌氧环境供有益菌生长的芽孢杆菌类;通过产酸抑制致病菌生长繁殖,合成维生素,促进消化吸收和代谢,克制腐败的乳酸菌类;能够促进生长发育并具有生物拮抗和免疫功能,抵制病原微生物的双歧杆菌类;能够促进营养物质消化吸收的酵母菌类等。