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用AFLP分子标记技术对50个有代表性的玉米及其野生近缘种大刍草、摩擦禾、薏苡材料进行了遗传关系分析。利用21个Pst Ⅰ/Mse Ⅰ引物组合检出可辨认带共641条，其中多态性带586条，平均每对引物得到30．52条多态性带，多态性91．4％。聚类分析结果表明，可以将50个材料分为3大类，与已有的玉米族分类一致，但与玉蜀黍属内的种间和种内分类存在差异，说明大刍草各种内存在较大的遗传多样性。本实验发现玉蜀黍属与摩擦禾关系比与薏苡的关系更近，但并没有发现玉米与小颖玉米亚种比与其他大刍草的遗传关系更近。