为了探究发酵中草药对蛋鸡产蛋后期肝脏与脂代谢相关miRNA的影响，试验将480只体重相近、饲养管理水平一致的产蛋后期京红蛋鸡随机分为2组，每组4个重复，每个重复60只，对照组（GA组）饲喂基础日粮，试验组（GF组）饲喂基础日粮+4 g/kg发酵中草药。试验结束后，剖杀试验鸡。取肝脏观察表观形态，无菌取肝脏组织进行转录组测序，并采用生物学信息方法分析miRNA首位碱基偏好性、差异表达miRNA、靶基因预测及功能注释，构建miRNA-mRNA蛋白质相互作用网络，并通过实时荧光定量PCR验证转录组测序结果的准确性和可靠性。结果表明：对照组肝脏肿大，边缘钝圆，颜色呈蜡黄色；试验组肝脏轮廓光滑整齐，质地紧密，颜色呈赤褐色。长度为18～24 nt和26～29 nt的miRNA首位碱基偏好为U,25 nt miRNA的首位碱基偏好为A,30 nt miRNA的首位碱基偏好为G。共筛选到14个差异表达miRNA,其中上调miRNA 4个，下调miRNA 10个；筛选出208个差异表达miRNA预测靶基因，大多数靶基因显著富集在细胞增殖、有机氮化合物的生物合成过程、调节细胞增殖和转移酶活性等GO条目上，主要参与烟酸和烟酰胺代谢、细胞因子与细胞因子受体的相互作用和代谢途径等KEEG信号通路，14个差异表达miRNA均与靶基因存在相互作用。实时荧光定量PCR结果与转录组测序结果一致。说明在日粮中添加发酵中草药可以有效改善产蛋后期蛋鸡肝脏中的脂肪沉积情况，并可通过影响miRNA的表达进而上调或下调肝脏中脂质代谢相关靶基因的表达，最终调控蛋鸡的脂代谢水平。