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为合理开发利用东太平洋茎柔鱼资源，需要准确掌握其种群结构。基于线粒体细胞色素b（Cytb）与细胞色素氧化酶Ⅰ（COⅠ）2个分子标记对茎柔鱼赤道海域与秘鲁外海2个地理群体的遗传多样性现状进行比较分析。分析认为，基于Cytb基因所有序列得到2个群体总的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为7、（0．397±0．079）、（0．00109±0．00096）和0．600，秘鲁外海群体单倍型多样性指数仅为（0．282±0．101），明显低于赤道海域群体。基