采用聚类分析、主成分分析和判别分析3种分析方法,对我国东南沿海5个野生波纹巴非蛤群体10个形态性状进行比较研究。聚类分析和主成分分析结果表明,广东东莞与福建厦门群体、广东湛江与海南海口群体的形态最为接近,广西北海群体的趋异程度最大。主成分分析构建了3个主成分,贡献率:主成分1为23.237%,主成分2为16.109%,主成分3为13.009%,累计贡献率为52.355%。判别分析结果表明,5群体间形态差异显著(P<0.01)。建立了5群体的判别函数,判别准确率P1为47.1%—80.0%,P2为45.7%—80.0%,5群体的综合判别率为63.8%。Mantel检验结果表明欧氏距离与地理直线距离无明显相关性(r=0.0822,P=0.3820)。广西北海群体明显地与其它4个地方分开,可能已形成一个新的亚种。本研究可为我国巴非蛤种质资源保护及遗传育种提供依据。