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1937年7月7日，卢沟桥事变，中日战争全面爆发。事变发生之初，驻守平津地区的中国二十九军宋哲元、张自忠等，企图与日本人谈和，以保住他们统治操控的地盘。但这一切皆化为泡影。29日凌晨2时，二十九军天津守军三十八师副师长李文田根据宋哲元撤离北平途中拍发的密电，指挥所部对天津海光寺日军华北驻屯军指挥部、东局子飞机场、大沽军用码头等日军占领点发起猛攻。1937年7月30日《益世报》记载道：“全市民众殆如除夕之守岁，大多数为炮声惊起，通宵不眠。”
战斗持续15个小时后，于29下午3时许，接到继任冀察政务委员会委员长张自忠从北平发来的“和平有望”电报，加之日军援军已到，敌特汉奸大肆活动，李文田忍痛下令弃守天津，率部且战且退，向已撤往保定的二十九军司令部靠拢。
日军趁势反攻，地处天津城南八里台的南开大学，突遭海光寺日军兵营炮火袭击，射击的第一个目标是校内高耸的木斋图书馆大圆顶，第一炮弹着点从圆顶旁擦身而过，第二炮击中目标，巨大的冲击力将图书馆圆顶整个切掉抛入空中。因圆顶又大又重，当翻转抖动着落下时，整个书库被压塌。紧接着，日军数炮齐发，南开大学校园弹如雨下，顿时楼塌屋倒，几十万册宝贵图书和珍稀资料灰飞烟灭。炮击过后，日机凌空在校园内外投放炸弹，校园内残存的建筑和相邻的南开中学、南开女中、南开小学均被炸毁。轰炸过后，凶残的日军又派出大股骑兵与汽车数辆，满载煤油闯入南开大学校园四处投弹，纵火焚烧，整个校园弹片横飞，黑烟滚滚，烈焰升腾。
这所由著名教育家张伯苓等人创办、靠各界人士赞助，经过千辛万苦发展起来的中国当时杰出的私立大学，在战火中成为一片废墟。时已转往南京的张伯苓闻此凶讯，当场昏厥，尔后老泪纵横，悲怆不能自制。
当天下午，张伯苓以悲壮的语调对《中央日报》记者发表谈话：“敌人此次轰炸南开，被毁者为南开之物质，而南开之精神，将因此挫折而愈奋励。故本人对于此次南开物质上所遭受之损失，绝不挂怀，更当本创校一贯精神，而重为南开树立一新生命。本人惟有凭此种精神，绝不稍馁，深信于短期内，不难建立一新的规模。”
7月31日，蒋介石约见张伯苓时表示：“南开为中国而牺牲，有中国即有南开。”
此时的日本人十分清楚，要彻底击垮一个民族，除动用武力在政治、经济、军事诸方面予以摧毁，更重要的是精神上的彻底征服，但“自沈阳之变，我国家之权威逐渐南移，唯以文化力量，与日本争持于平津，此三校实为其中坚”。因此，日本军队决不会轻易放过平津高校，以及高校中的民族文化精英与珍贵的文化遗产。事变前就把平津高校作为重要征服目标而虎视眈眈的日本军队，终于将南开大学置于炮火之中，开始了精神上的征服。
就整个抗战期间日本毁坏的中国校园而言，南开大学确最为惨烈，几乎是连根拔起、片甲未留。何以日军面对中国守军的进攻的同时还要拿出精力炮击、轰炸南开校园，且非要夷为平地而后快呢？除了日军华北驻屯军指挥部所居的海光寺，位于南开大学与中学之间这个特殊的地理位置，日军需在附近展开火力以确保指挥首脑安全外，另一个重要原因就是对南开大学师生长期积聚的嫉恨。
早在1927年，南开大学校长张伯苓赴东北考察时，亲见日本人经营满蒙之精心与野心，“今东北各省陷于危局，而我国人士能言之、知之者鲜”，本着“匹夫有责之义”，回校后成立了“满蒙研究会”（后改名为“东北研究会”），组织教授赴东北调查实况，搜集资料证据，开展学术研究，并利用其成果教育民众，提醒军民注意日本人之野心。1931年“九一八”事变后，南开“东北研究会”编写了20万言的《东北经济地理》，系统介绍了东北各省的自然资源和人文地理，作为南开大、中学必修课教材，令学生“加深了解何以东北对祖国是那样重要、神圣”。之后南开大学一直作为天津抗日救亡运动中心，与日军、汉奸展开长期或明或暗的斗争，从而播下了日本人仇恨的种子，一旦战争来临，南开首当其冲地置于日军炮火之下，也就不感意外了，南开大学遂成为抗战以来中国第一个罹难的高等学府。
在民族生死存亡之际，保护和抢救平津地区教育、文化界知识分子与民族精英，越来越显得重要和迫在眉睫。蔡元培、蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓、李煜瀛、翁之龙、罗家伦、傅斯年等102人联合发表声明，揭露日军破坏中国教育机关的罪行，提出了“教育为民族复兴之本”的口号，要求政府采取果断措施，将一些高校迁往内地办学。
这年9月10日，国民政府教育部发出第16696号令，正式宣布在长沙和西安两地设立临时大学。由国立北京大学、清华大学、私立南开大学组成长沙临时大学。以北平大学、北平师范大学、天津北洋工学院（原北洋大学）和北平研究院等院校为基干，设立西北（西安）临时大学。两个临时大学以原各校校长任筹备委员会常务委员，迅速赴当地选址筹备，尽快组织师生撤出平津地区在新校舍开课。
9月13日，长沙临时大学筹备委员会召开第一次会议，北大、清华、南开三校校长蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓为当然委员，另有北大胡适、清华顾毓绣、南开何廉，外加中央研究院史语所所长傅斯年等为委员。会议确定租赁地处长沙市韭菜园一号原美国教会所办圣经书院作为临时校舍，明确院系设置、组织结构、经费分配等事宜。此时的长沙圣经书院已经停办，校内教室、宿舍、家具及办公用具较为齐备，另外还有一个大礼堂地下室，正好作为临时大学师生的防空洞，以避免日机轰炸。
9月20日，北大校长蒋梦麟与三校同仁陆续到达长沙紧急筹备。9月28日，各项事宜就绪，开始启用国立长沙临时大学关防，校务由三校校长及主任秘书组成的常务委员会负责。与此同时，西北临时大学也在西安择好了校址并基本筹备就绪，战时的中国教育即将揭开新的一页。
在此之前，由教育部发出的撤退命令已在平津各校师生中用书信和电报秘密传达，早已心力交瘁，翘首以盼的各校教职员工和学生们接到通知，纷纷设法夺路出城，尽快逃离沦于敌手的平津两地，辗转赶赴湖南长沙和古城西安——中国现代历史上最为悲壮的知识分子大撤退开始了。这一决定是在时局激变的紧急情况下仓促作出的，因而，此次撤退实际上是一次毫无组织和秩序可言的慌乱大逃亡。 校园成为一片焦土的南开大学师生接到命令，乘船沿海路陆续南下。南开大学秘书长黄钰生、理学院院长杨石先，早在驻平津地区的二十九军首领宋哲元、张自忠等辈与日本人拉拉扯扯，欲谈和屈就时，已感到凶多吉少，遂着手组织部分留守师生向校外转移图书、设备，并组织教授眷属尽可能撤出校园，转往安全之处。当战争打响，日军炮击、轰炸南开校园后，黄钰生、杨石先与郭屏藩等教授冒着滚滚浓烟和零星的枪炮声，在校内检点情况。当撤离校园时，黄钰生从自家倒掉的废墟中扒出了未烧着的被褥和一件衬衣，杨石先则只有身上的一套单衣和一架相机，二人带着这点仅有的身外之物，率领南开师生踏上了去往长沙的路途。
1938年1月中旬，由于武汉战事吃紧，扬子江一线受到威胁，根据国民政府指令，长沙临时大学迁往昆明，另行组建国立西南联合大学。临大师生分三路向昆明进发，4月28日上午，最后一批步行的师生到达昆明，开始了为期8年多的流亡学习生活。1946年5月4日，即著名的五四运动爆发27周年纪念日，国立西南联大结束了它的历史使命，三校各自复员回归原地继续办学，开始了新的历史征程。
三校回归平津安置后，南开大学校长张伯苓没有随队返津，而是留在了重庆在国民政府中枢做事，同时照料他亲手在重庆创办的南开中学，这一切自是有张氏本人的慎重考虑。
遥想当年，国立西南联大组建后，南开部分规模最小，教授仅占联大总数的十五分之一，与战前相比实力已大为减少，鉴于“将来复校必感才荒”的预感，张伯苓于太平洋战争爆发后即开始提前谋划复校事宜。
1942年春节前，张伯苓拜会蒋介石，就南开复校问题进行沟通。蒋介石本着当年“有中国即有南开”的诺言，允南开复校时与国立大学同等待遇。1944年元旦，国民政府为张伯苓颁布一等景星勋章以示奖励。4月5日，张伯苓70寿庆，蒋介石亲书“南极辉光”条幅祝寿。1946年4月3日，蒋介石批准教育部提出的南开大学改为国立的“签呈”，在拨付西南联大复校资金30亿法币中，南开分得8亿元。以南开师生在西南联大的规模，此项经费分配实有照顾之意。4月9日，教育部宣布南开大学改为国立，张伯苓仍任校长。从此，南开大学进入与北大、清华并驾齐驱的国立大学时代。
1948年5月，中华民国实行“行宪”，蒋介石邀请张伯苓出任“行宪”政府首任考试院院长。张氏同意到南京“跑跑龙套”。7月6日，张伯苓正式出任考试院长。此时的张伯苓既有感于蒋介石多次关照之情，更有以这顶官帽宦游于庙堂之上，为南开谋得复校财路的考虑。
根据教育部章程，国立大学校长不能同时兼职。张伯苓在南开的声望无人能及，师生不愿其离职，张氏本人更不愿离开寄托其生命的事业。鉴于此，蒋介石认为可以打破规则，仍以张伯苓为校长，由南开出身、时在美国普林斯顿大学高级研究所访学的经济学家何廉代理校务，并面谕教育部长朱家骅照办。但朱与张在个人感情上较为冷淡，而且朱对张的教育理念另有成见，不愿因此破了规矩，所以坚持不让张身兼两职。
未久，答应执掌南开帅印的何廉从美国归来。何氏之所以接受张伯苓之请回国，用何的话说：“我同南开大学和校长的感情很深，深深感到我有道义上的责任必须回去。”10月17日，张伯苓及南开大学师生参加了何廉校长的就职典礼。10月19日，行政院正式发布张伯苓辞职、由何廉出任南开新校长的命令。未久，张伯苓离津赴京。11月底，平津战事一触即发，何廉觉得南开大学非自己这个自由派知识分子所能掌控，强撑下去后果不堪设想，遂产生了离津赴沪，回到家中静观待变的念头（时何氏的家人在上海居住）。12月1日，何廉由北平乘机南下，想不到在上海机场遇到了在此候机飞渝的张伯苓。二人相见，自是百感交集。当何廉向张伯苓简单介绍了南开的情形后，张只是“点头不语”，最后道别时，张伯苓面色沉重地低声留下了一句：“一定不要再回天津去了。”上海一别，竟成永诀。1948年12月底，何廉携家离开上海辗转赴美，此后再也没有回到大陆。
何廉离津后，南开大学一直处于无人主政的状态。1949年1月，解放军攻克天津，由中共天津市委指定黄钰生、杨石先等代为管理校事。
1949年11月底，重庆易手前几天，蒋介石曾两次专程到重庆沙坪坝津南村会见只身在此养病的张伯苓，请他随国民政府迁台，并许诺：只要张氏乐意行动，什么条件都可以答应。腰不好，可以在飞机上专设卧铺，家属均可随行。此时，周恩来辗转托香港的南开校友，以“无名氏”署名的信件挽留张伯苓：“老同学飞飞不让老校长动”。张以“衰老多病，不利远道飞航”表示谢绝，并坚辞有名无实的考试院长。蒋介石转往成都后，再令蒋经国催请张伯苓：“给先生留下一架飞机，几时想走就几时走。”但张伯苓以“不愿离开南开学校，更不想离开祖国”为由拒绝，坚持留在了大陆。
1950年5月，张伯苓夫妇搭乘飞机由重庆到北京，在周恩来安排下，暂住傅作义寓所，在京逗留近半年之久。之所以如此，是周恩来考虑到张伯苓即时返津，可能会遭到另类学生的攻击。1950年9月中旬，张伯苓终于回到天津，此时南开已被另类师生控制，对归来的老校长怀有敌意，许多另类学生认为张是“战犯”，应按“战犯”处决。只有一批南开老人在情感上偷偷给予张伯苓一些慰藉和温情。未久，南开校庆，已是75岁高龄的张伯苓打起精神前去参加，但南开中学不许他跨进大门，而南开大学也只允许他在校庆后的小型活动中坐后排不显眼的位置听众人演讲。经此一击，张伯苓变得沉默寡言，常常呆坐居室，以手击头，神情颓丧，再也没有抗战初起时“因此挫折而愈奋励”的神勇之气了。1951年2月23日，张伯苓于郁闷、孤独中凄凉地告别了这个世界，终年76岁。
张伯苓逝世后，只有《天津日报》以“前南开校长张伯苓病逝，遗嘱友好同学拥护人民政府”为题刊载了张伯苓遗嘱，以及他3个儿子的一则79字“哀启”，其他的大陆新闻媒体一片寂然。即使政务院总理周恩来闻讯后于第二天亲往天津吊唁并发表讲话，但也未作公开披露。其间，周恩来在审读张氏遗嘱时，从政治高度表示遗憾说：“可惜少了两句话，即张伯苓应表示悔过，向人民低头。”直到张伯苓逝世后44天，即1951年4月8日，才由张的朋友和几个老学生张罗，在南开女中礼堂举行一个小型追悼会。尽管周总理对张的遗嘱有遗憾之处，但同样有“看一个人应当依据他的历史背景和条件，万不可用现在的标准去评论过去的人。张校长在他的一生中是进步的、爱国的，他办教育是有成绩的，有功于人民的”讲话，但大多数人怕受株连，骑驴观望，不敢或不愿前往参加。 下午2时许，追悼会开始，致悼词者乃早年的南开大学秘书长、国立西南联大时代的联大师范学院院长黄钰生。抗战胜利后，他作为南开大学秘书长最早由昆明赴天津筹备复校事宜，张伯苓临终前遗嘱的执笔者就是黄钰生。据一些参加悼念会的人回忆说，黄氏写就的万余言的长篇悼文，新旧观念混杂，既有饱含深情的真知灼见，也不乏追随时代话语的笨拙努力，在当时的社会氛围里堪称一篇难得的用心良苦的纪念文字。1952年，随着思想改造运动展开，张伯苓再度受到南开大学各院系师生的批判，诸如“人格卑鄙”、“不学无术”、“兴办教育旨在升官发财，为蒋介石服务”等罪名伴着大小字报随处可见，张伯苓的教育事业与人格风范遭到了全面否定。
此时，猫在台湾的蒋介石对张伯苓在大陆的动向依然密切关注。1951年2月27日，当蒋介石得悉张伯苓病逝的消息后，在日记中写下了“痛悼无已”的字句。未久，台湾为张伯苓举办了隆重的追悼大会，蒋介石亲写“守正不阿，多士所宗，伯苓先生千古”的挽联以志哀悼，党政军首脑集体出席。以后，每至张伯苓逢十华诞纪念日，台湾都要举行纪念会。1975年4月5日，是蒋介石生命的最后一天。据蒋经国的日记载：“忆晨向父亲请安之时，父亲已起身坐于轮椅，见儿至，父亲面带笑容，儿心甚安。因儿已久未见父亲笑容矣。父亲并问及清明节以及张伯苓先生百岁诞辰之事……。”当天晚上，蒋介石撒手归天。按史学家江沛的说法，蒋介石此举，显然已非简单的政治利用可以解释的了。
张伯苓死后先葬于天津永安公墓，后迁至杨家台祖坟，1962年夫人逝世后，合葬于天津北仓烈士公墓。1975年火化后，两人骨灰置于北京长子张希陆家中。1979年在天津水上公园烈士陵园举行了夫妇骨灰安放仪式，后迁至北仓烈士陵园。1979年，南开大学六十年校庆，出了一个小纪念册，仍然没有张伯苓的名字。由于张氏生前曾有“愿故后埋葬在南开大学校园内”的遗愿，因此，校庆之后部分有头有脸的人留下来就此事展开了讨论。南开大学党委的一位要员称：“现在的同学与张伯苓的关系不深，同学们认为南开大学是人民的，不是张伯苓的，因此最好不要葬于南大。”听了这番话，特地为此事赶来现场，已是82岁高龄的黄钰生悲愤地说：“现在南开大学代表着落后势力的仍有一部分群众，如葬张伯苓于南大，可能会使落后势力更加嚣张，更恐怕进步群众有意见！”
直到1986年，南开大学才同意张伯苓的骨灰埋葬于校园，算是实现了张氏生前的遗愿。也就在这一年，南开大学出了一个简介小册子，细心者发现上面有张伯苓的名字与一张小照。其原因或如张的学生、物理学家吴大猷院士所言：“是张氏创办南开及他的功绩，即后人亦不能抑没也。”
（岳南，原名岳玉明，现为台湾清华大学驻校作家，著有《李庄往事》《从蔡元培到胡适：中研院的那些人和事》《如果我的心是一朵莲花：林徽因时代的追忆》《陈寅恪与傅斯年》《南渡北归》等。）
战斗持续15个小时后，于29下午3时许，接到继任冀察政务委员会委员长张自忠从北平发来的“和平有望”电报，加之日军援军已到，敌特汉奸大肆活动，李文田忍痛下令弃守天津，率部且战且退，向已撤往保定的二十九军司令部靠拢。
日军趁势反攻，地处天津城南八里台的南开大学，突遭海光寺日军兵营炮火袭击，射击的第一个目标是校内高耸的木斋图书馆大圆顶，第一炮弹着点从圆顶旁擦身而过，第二炮击中目标，巨大的冲击力将图书馆圆顶整个切掉抛入空中。因圆顶又大又重，当翻转抖动着落下时，整个书库被压塌。紧接着，日军数炮齐发，南开大学校园弹如雨下，顿时楼塌屋倒，几十万册宝贵图书和珍稀资料灰飞烟灭。炮击过后，日机凌空在校园内外投放炸弹，校园内残存的建筑和相邻的南开中学、南开女中、南开小学均被炸毁。轰炸过后，凶残的日军又派出大股骑兵与汽车数辆，满载煤油闯入南开大学校园四处投弹，纵火焚烧，整个校园弹片横飞，黑烟滚滚，烈焰升腾。
这所由著名教育家张伯苓等人创办、靠各界人士赞助，经过千辛万苦发展起来的中国当时杰出的私立大学，在战火中成为一片废墟。时已转往南京的张伯苓闻此凶讯，当场昏厥，尔后老泪纵横，悲怆不能自制。
当天下午，张伯苓以悲壮的语调对《中央日报》记者发表谈话：“敌人此次轰炸南开，被毁者为南开之物质，而南开之精神，将因此挫折而愈奋励。故本人对于此次南开物质上所遭受之损失，绝不挂怀，更当本创校一贯精神，而重为南开树立一新生命。本人惟有凭此种精神，绝不稍馁，深信于短期内，不难建立一新的规模。”
7月31日，蒋介石约见张伯苓时表示：“南开为中国而牺牲，有中国即有南开。”
此时的日本人十分清楚，要彻底击垮一个民族，除动用武力在政治、经济、军事诸方面予以摧毁，更重要的是精神上的彻底征服，但“自沈阳之变，我国家之权威逐渐南移，唯以文化力量，与日本争持于平津，此三校实为其中坚”。因此，日本军队决不会轻易放过平津高校，以及高校中的民族文化精英与珍贵的文化遗产。事变前就把平津高校作为重要征服目标而虎视眈眈的日本军队，终于将南开大学置于炮火之中，开始了精神上的征服。
就整个抗战期间日本毁坏的中国校园而言，南开大学确最为惨烈，几乎是连根拔起、片甲未留。何以日军面对中国守军的进攻的同时还要拿出精力炮击、轰炸南开校园，且非要夷为平地而后快呢？除了日军华北驻屯军指挥部所居的海光寺，位于南开大学与中学之间这个特殊的地理位置，日军需在附近展开火力以确保指挥首脑安全外，另一个重要原因就是对南开大学师生长期积聚的嫉恨。
早在1927年，南开大学校长张伯苓赴东北考察时，亲见日本人经营满蒙之精心与野心，“今东北各省陷于危局，而我国人士能言之、知之者鲜”，本着“匹夫有责之义”，回校后成立了“满蒙研究会”（后改名为“东北研究会”），组织教授赴东北调查实况，搜集资料证据，开展学术研究，并利用其成果教育民众，提醒军民注意日本人之野心。1931年“九一八”事变后，南开“东北研究会”编写了20万言的《东北经济地理》，系统介绍了东北各省的自然资源和人文地理，作为南开大、中学必修课教材，令学生“加深了解何以东北对祖国是那样重要、神圣”。之后南开大学一直作为天津抗日救亡运动中心，与日军、汉奸展开长期或明或暗的斗争，从而播下了日本人仇恨的种子，一旦战争来临，南开首当其冲地置于日军炮火之下，也就不感意外了，南开大学遂成为抗战以来中国第一个罹难的高等学府。
在民族生死存亡之际，保护和抢救平津地区教育、文化界知识分子与民族精英，越来越显得重要和迫在眉睫。蔡元培、蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓、李煜瀛、翁之龙、罗家伦、傅斯年等102人联合发表声明，揭露日军破坏中国教育机关的罪行，提出了“教育为民族复兴之本”的口号，要求政府采取果断措施，将一些高校迁往内地办学。
这年9月10日，国民政府教育部发出第16696号令，正式宣布在长沙和西安两地设立临时大学。由国立北京大学、清华大学、私立南开大学组成长沙临时大学。以北平大学、北平师范大学、天津北洋工学院（原北洋大学）和北平研究院等院校为基干，设立西北（西安）临时大学。两个临时大学以原各校校长任筹备委员会常务委员，迅速赴当地选址筹备，尽快组织师生撤出平津地区在新校舍开课。
9月13日，长沙临时大学筹备委员会召开第一次会议，北大、清华、南开三校校长蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓为当然委员，另有北大胡适、清华顾毓绣、南开何廉，外加中央研究院史语所所长傅斯年等为委员。会议确定租赁地处长沙市韭菜园一号原美国教会所办圣经书院作为临时校舍，明确院系设置、组织结构、经费分配等事宜。此时的长沙圣经书院已经停办，校内教室、宿舍、家具及办公用具较为齐备，另外还有一个大礼堂地下室，正好作为临时大学师生的防空洞，以避免日机轰炸。
9月20日，北大校长蒋梦麟与三校同仁陆续到达长沙紧急筹备。9月28日，各项事宜就绪，开始启用国立长沙临时大学关防，校务由三校校长及主任秘书组成的常务委员会负责。与此同时，西北临时大学也在西安择好了校址并基本筹备就绪，战时的中国教育即将揭开新的一页。
在此之前，由教育部发出的撤退命令已在平津各校师生中用书信和电报秘密传达，早已心力交瘁，翘首以盼的各校教职员工和学生们接到通知，纷纷设法夺路出城，尽快逃离沦于敌手的平津两地，辗转赶赴湖南长沙和古城西安——中国现代历史上最为悲壮的知识分子大撤退开始了。这一决定是在时局激变的紧急情况下仓促作出的，因而，此次撤退实际上是一次毫无组织和秩序可言的慌乱大逃亡。 校园成为一片焦土的南开大学师生接到命令，乘船沿海路陆续南下。南开大学秘书长黄钰生、理学院院长杨石先，早在驻平津地区的二十九军首领宋哲元、张自忠等辈与日本人拉拉扯扯，欲谈和屈就时，已感到凶多吉少，遂着手组织部分留守师生向校外转移图书、设备，并组织教授眷属尽可能撤出校园，转往安全之处。当战争打响，日军炮击、轰炸南开校园后，黄钰生、杨石先与郭屏藩等教授冒着滚滚浓烟和零星的枪炮声，在校内检点情况。当撤离校园时，黄钰生从自家倒掉的废墟中扒出了未烧着的被褥和一件衬衣，杨石先则只有身上的一套单衣和一架相机，二人带着这点仅有的身外之物，率领南开师生踏上了去往长沙的路途。
1938年1月中旬，由于武汉战事吃紧，扬子江一线受到威胁，根据国民政府指令，长沙临时大学迁往昆明，另行组建国立西南联合大学。临大师生分三路向昆明进发，4月28日上午，最后一批步行的师生到达昆明，开始了为期8年多的流亡学习生活。1946年5月4日，即著名的五四运动爆发27周年纪念日，国立西南联大结束了它的历史使命，三校各自复员回归原地继续办学，开始了新的历史征程。
三校回归平津安置后，南开大学校长张伯苓没有随队返津，而是留在了重庆在国民政府中枢做事，同时照料他亲手在重庆创办的南开中学，这一切自是有张氏本人的慎重考虑。
遥想当年，国立西南联大组建后，南开部分规模最小，教授仅占联大总数的十五分之一，与战前相比实力已大为减少，鉴于“将来复校必感才荒”的预感，张伯苓于太平洋战争爆发后即开始提前谋划复校事宜。
1942年春节前，张伯苓拜会蒋介石，就南开复校问题进行沟通。蒋介石本着当年“有中国即有南开”的诺言，允南开复校时与国立大学同等待遇。1944年元旦，国民政府为张伯苓颁布一等景星勋章以示奖励。4月5日，张伯苓70寿庆，蒋介石亲书“南极辉光”条幅祝寿。1946年4月3日，蒋介石批准教育部提出的南开大学改为国立的“签呈”，在拨付西南联大复校资金30亿法币中，南开分得8亿元。以南开师生在西南联大的规模，此项经费分配实有照顾之意。4月9日，教育部宣布南开大学改为国立，张伯苓仍任校长。从此，南开大学进入与北大、清华并驾齐驱的国立大学时代。
1948年5月，中华民国实行“行宪”，蒋介石邀请张伯苓出任“行宪”政府首任考试院院长。张氏同意到南京“跑跑龙套”。7月6日，张伯苓正式出任考试院长。此时的张伯苓既有感于蒋介石多次关照之情，更有以这顶官帽宦游于庙堂之上，为南开谋得复校财路的考虑。
根据教育部章程，国立大学校长不能同时兼职。张伯苓在南开的声望无人能及，师生不愿其离职，张氏本人更不愿离开寄托其生命的事业。鉴于此，蒋介石认为可以打破规则，仍以张伯苓为校长，由南开出身、时在美国普林斯顿大学高级研究所访学的经济学家何廉代理校务，并面谕教育部长朱家骅照办。但朱与张在个人感情上较为冷淡，而且朱对张的教育理念另有成见，不愿因此破了规矩，所以坚持不让张身兼两职。
未久，答应执掌南开帅印的何廉从美国归来。何氏之所以接受张伯苓之请回国，用何的话说：“我同南开大学和校长的感情很深，深深感到我有道义上的责任必须回去。”10月17日，张伯苓及南开大学师生参加了何廉校长的就职典礼。10月19日，行政院正式发布张伯苓辞职、由何廉出任南开新校长的命令。未久，张伯苓离津赴京。11月底，平津战事一触即发，何廉觉得南开大学非自己这个自由派知识分子所能掌控，强撑下去后果不堪设想，遂产生了离津赴沪，回到家中静观待变的念头（时何氏的家人在上海居住）。12月1日，何廉由北平乘机南下，想不到在上海机场遇到了在此候机飞渝的张伯苓。二人相见，自是百感交集。当何廉向张伯苓简单介绍了南开的情形后，张只是“点头不语”，最后道别时，张伯苓面色沉重地低声留下了一句：“一定不要再回天津去了。”上海一别，竟成永诀。1948年12月底，何廉携家离开上海辗转赴美，此后再也没有回到大陆。
何廉离津后，南开大学一直处于无人主政的状态。1949年1月，解放军攻克天津，由中共天津市委指定黄钰生、杨石先等代为管理校事。
1949年11月底，重庆易手前几天，蒋介石曾两次专程到重庆沙坪坝津南村会见只身在此养病的张伯苓，请他随国民政府迁台，并许诺：只要张氏乐意行动，什么条件都可以答应。腰不好，可以在飞机上专设卧铺，家属均可随行。此时，周恩来辗转托香港的南开校友，以“无名氏”署名的信件挽留张伯苓：“老同学飞飞不让老校长动”。张以“衰老多病，不利远道飞航”表示谢绝，并坚辞有名无实的考试院长。蒋介石转往成都后，再令蒋经国催请张伯苓：“给先生留下一架飞机，几时想走就几时走。”但张伯苓以“不愿离开南开学校，更不想离开祖国”为由拒绝，坚持留在了大陆。
1950年5月，张伯苓夫妇搭乘飞机由重庆到北京，在周恩来安排下，暂住傅作义寓所，在京逗留近半年之久。之所以如此，是周恩来考虑到张伯苓即时返津，可能会遭到另类学生的攻击。1950年9月中旬，张伯苓终于回到天津，此时南开已被另类师生控制，对归来的老校长怀有敌意，许多另类学生认为张是“战犯”，应按“战犯”处决。只有一批南开老人在情感上偷偷给予张伯苓一些慰藉和温情。未久，南开校庆，已是75岁高龄的张伯苓打起精神前去参加，但南开中学不许他跨进大门，而南开大学也只允许他在校庆后的小型活动中坐后排不显眼的位置听众人演讲。经此一击，张伯苓变得沉默寡言，常常呆坐居室，以手击头，神情颓丧，再也没有抗战初起时“因此挫折而愈奋励”的神勇之气了。1951年2月23日，张伯苓于郁闷、孤独中凄凉地告别了这个世界，终年76岁。
张伯苓逝世后，只有《天津日报》以“前南开校长张伯苓病逝，遗嘱友好同学拥护人民政府”为题刊载了张伯苓遗嘱，以及他3个儿子的一则79字“哀启”，其他的大陆新闻媒体一片寂然。即使政务院总理周恩来闻讯后于第二天亲往天津吊唁并发表讲话，但也未作公开披露。其间，周恩来在审读张氏遗嘱时，从政治高度表示遗憾说：“可惜少了两句话，即张伯苓应表示悔过，向人民低头。”直到张伯苓逝世后44天，即1951年4月8日，才由张的朋友和几个老学生张罗，在南开女中礼堂举行一个小型追悼会。尽管周总理对张的遗嘱有遗憾之处，但同样有“看一个人应当依据他的历史背景和条件，万不可用现在的标准去评论过去的人。张校长在他的一生中是进步的、爱国的，他办教育是有成绩的，有功于人民的”讲话，但大多数人怕受株连，骑驴观望，不敢或不愿前往参加。 下午2时许，追悼会开始，致悼词者乃早年的南开大学秘书长、国立西南联大时代的联大师范学院院长黄钰生。抗战胜利后，他作为南开大学秘书长最早由昆明赴天津筹备复校事宜，张伯苓临终前遗嘱的执笔者就是黄钰生。据一些参加悼念会的人回忆说，黄氏写就的万余言的长篇悼文，新旧观念混杂，既有饱含深情的真知灼见，也不乏追随时代话语的笨拙努力，在当时的社会氛围里堪称一篇难得的用心良苦的纪念文字。1952年，随着思想改造运动展开，张伯苓再度受到南开大学各院系师生的批判，诸如“人格卑鄙”、“不学无术”、“兴办教育旨在升官发财，为蒋介石服务”等罪名伴着大小字报随处可见，张伯苓的教育事业与人格风范遭到了全面否定。
此时，猫在台湾的蒋介石对张伯苓在大陆的动向依然密切关注。1951年2月27日，当蒋介石得悉张伯苓病逝的消息后，在日记中写下了“痛悼无已”的字句。未久，台湾为张伯苓举办了隆重的追悼大会，蒋介石亲写“守正不阿，多士所宗，伯苓先生千古”的挽联以志哀悼，党政军首脑集体出席。以后，每至张伯苓逢十华诞纪念日，台湾都要举行纪念会。1975年4月5日，是蒋介石生命的最后一天。据蒋经国的日记载：“忆晨向父亲请安之时，父亲已起身坐于轮椅，见儿至，父亲面带笑容，儿心甚安。因儿已久未见父亲笑容矣。父亲并问及清明节以及张伯苓先生百岁诞辰之事……。”当天晚上，蒋介石撒手归天。按史学家江沛的说法，蒋介石此举，显然已非简单的政治利用可以解释的了。
张伯苓死后先葬于天津永安公墓，后迁至杨家台祖坟，1962年夫人逝世后，合葬于天津北仓烈士公墓。1975年火化后，两人骨灰置于北京长子张希陆家中。1979年在天津水上公园烈士陵园举行了夫妇骨灰安放仪式，后迁至北仓烈士陵园。1979年，南开大学六十年校庆，出了一个小纪念册，仍然没有张伯苓的名字。由于张氏生前曾有“愿故后埋葬在南开大学校园内”的遗愿，因此，校庆之后部分有头有脸的人留下来就此事展开了讨论。南开大学党委的一位要员称：“现在的同学与张伯苓的关系不深，同学们认为南开大学是人民的，不是张伯苓的，因此最好不要葬于南大。”听了这番话，特地为此事赶来现场，已是82岁高龄的黄钰生悲愤地说：“现在南开大学代表着落后势力的仍有一部分群众，如葬张伯苓于南大，可能会使落后势力更加嚣张，更恐怕进步群众有意见！”
直到1986年，南开大学才同意张伯苓的骨灰埋葬于校园，算是实现了张氏生前的遗愿。也就在这一年，南开大学出了一个简介小册子，细心者发现上面有张伯苓的名字与一张小照。其原因或如张的学生、物理学家吴大猷院士所言：“是张氏创办南开及他的功绩，即后人亦不能抑没也。”
（岳南，原名岳玉明，现为台湾清华大学驻校作家，著有《李庄往事》《从蔡元培到胡适：中研院的那些人和事》《如果我的心是一朵莲花：林徽因时代的追忆》《陈寅恪与傅斯年》《南渡北归》等。）