基于单细胞测序探索SENP2在肾细胞癌不同亚型中的作用

来源 :基因组学与应用生物学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:haoliu1988
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本研究基于单细胞测序数据探讨SENP2在肾细胞癌(renal cell carcinoma, RCC)3种不同亚型中的表达差异和作用机制。通过R语言进行UMAP降维可视化和差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)的筛选;对DEGs进行功能注释和富集分析并构建蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,通过Cytoscape软件筛选关键基因;通过分析SENP2的表达差异与3种RCC亚型患者生存预后和临床分期的关系,揭示其在不同亚型中的作用;通过分析SENP2及其互作基因的相关性,探索SENP2引起3种不同RCC亚型患者生存预后和临床分期差异性的调控机制;最后,对肾透明细胞癌(kidney renal clear cell carcinoma, KIRC)中的SENP2进行免疫组化实验。本研究结果表明,RCC 3种亚型中的基因表达具有差异性;RCC 3种亚型中差异表达基因显著富集于细胞增殖、蛋白质代谢、细胞衰老以及TP53调节等生物学过程中;筛选关键基因,锁定SENP2;生存分析和临床分期分析结果表明,在KIRC中,随着临床分期的增加,SENP2表达量逐渐减少,患者的生存预后变差,在肾嫌色细胞癌(kidney chromophobe, KICH)中,SENP2表达与患者的生存预后呈正相关,但与临床分期没有相关性,在肾乳头状细胞癌(kidney renal papillary cellcarcinoma, KIRP)中SENP2表达与患者的生存预后呈负相关,SENP2表达越高,患者的预后越差,但与临床分期没有相关性;SENP2及其互作基因相关性研究表明,在KIRC和KICH中,SENP2通过SUMO化修饰正相关调控抑癌基因TP53,而在KIRP中,SENP2通过SUMO化修饰负相关调控TP53家族成员TP73,进而导致SENP2调控RCC 3种亚型的差异性;免疫组化结果显示,SENP2在KIRC呈现低表达且与年龄、性别和肿瘤大小无关。综上所述,SENP2通过不同调控机制参与了RCC 3种亚型的发生和发展,有望成为判断RCC的肿瘤标志物,为相关机制的研究提供了新思路。
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