药用植物种质资源是中医药现代化发展的根基,深入研究药用植物种质资源是培育优良品种、保证中药产量和规范质量的前提条件.传统的鉴别方法从表观出发,受自然环境和人为因素影响较大,鉴定的效率和准确性普遍偏低.分子生物学技术以其易操作、高灵敏度、结果准确等优点,已被广泛用于药用植物种质资源的相关研究中,主要涉及野生与栽培品区分、中药替代品研究、中成药鉴别、优良品种标记育种、遗传多样性研究、遗传图谱建立和组学研究等多个方面.其中组学研究由于分析目的 不同分为基因组学、转录组学、代谢组学、蛋白质组学.基因组学又分为结构基因组学、功能基因组学、比较基因组学3个亚领域.真核生物有细胞核和细胞器,因此组学研究还包括叶绿体基因组学、线粒体基因组学、核基因组学、质体基因组组学.其中叶绿体基因组结构简单、相对分子质量小、保守性好;而线粒体基因组变异性强且结构复杂;核基因组数据复杂、核内部不含核糖体,导致翻译过程中会有时空差异,即使多次重复地进行试验,试验的结果也具有不确定性.当前药用植物研究涉及的分子生物学技术及组学研究仍有不足的方面,存在较大的发展空间,需要进一步完善和补充.该文依次介绍了细胞学、分子标记、组学研究技术在药用种质资源鉴定中的特点和应用,为后续进行药用植物种质资源的鉴别、开发及利用提供参考依据.