小鼠肺钩虫感染基因表达谱的生物信息学分析—种系效应

来源 :热带医学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yanghongtao3446
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目的从基因水平探索肌萎缩侧索硬化(ALS)其发病机制并发现治疗ALS的新靶点。方法通过GeneSifter软件对野生型(WT)和重度联合免疫缺陷型(SCID)小鼠肺组织钩虫感染的微阵列表达谱进行分析,使用two-way ANOVA的统计学方法对数据聚类,并结合Gene Ontology和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes)生物学通路,深入分析具有种系效应的517个差异基因(P<0.001)。结果显示ALS的信号转导通路在两组小鼠间差异具有统计学意义(Z>2),与Th2反应相关的多个基因对ALS的代谢异常具有保护作用。结论筛选出的3个特异基因,可作为治疗肌萎缩侧索硬化的新候选基因。 Objective To explore the pathogenesis of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) at gene level and to find a new target for the treatment of ALS. Methods Microarray expression profiles of lung hookworm infection in wild-type (WT) and severe combined immunodeficient (SCID) mice were analyzed by GeneSifter software, and the data were clustered using two-way ANOVA statistical method combined with Gene Ontology and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) biological pathway, in-depth analysis of 517 differential genes with germline effect (P <0.001). The results showed that the signal transduction pathway of ALS had significant difference between the two groups of mice (Z> 2), and the multiple genes related to Th2 had a protective effect on the ALS metabolism. Conclusion The three specific genes screened can be used as new candidate genes for the treatment of amyotrophic lateral sclerosis.
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