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后基因组生物信息学研究的一个重要任务是系统地研究活细胞内所有分子和它们之间的相互作用,从而了解这些分子及它们之间的相互作用对整个生物体功能的影响．而网络则是对各种相互作用关系的恰当的抽象描述．近年来,复杂网络理论在揭示各种复杂的技术网络和社会网络的形成和演化机制方面取得了一些重要成果,其方法和结果已对生物学研究产生影响．本文评述了基于基因组的大规模代谢网络重建和分析的进展,论述了利用复杂网络理论分析代谢网络结构的主要方法和结果．