【摘 要】
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利用基因组序列比对分析等生物信息学方法发掘肠球菌新的属特异性靶点,根据42个候选靶点序列设计50对引物,结合普通PCR初筛和荧光定量PCR复筛,挑选特异性和灵敏度等检测性能
【机 构】
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上海交通大学农业与生物学院,上海出入境检验检疫局
【基金项目】
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上海市技术标准专项项目(08DZ0504200);国家质检总局项目(2009IK155)
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利用基因组序列比对分析等生物信息学方法发掘肠球菌新的属特异性靶点,根据42个候选靶点序列设计50对引物,结合普通PCR初筛和荧光定量PCR复筛,挑选特异性和灵敏度等检测性能最佳的引物,建立相应的荧光定量PCR检测方法,并对该方法应用于食品中肠球菌检测时的效果作出评价。分析结果显示,特异性最强的引物为EF1902,利用该引物建立的荧光定量体系检测肠球菌时均产生特异性扩增信号,而检测非肠球菌菌株时均无特异性扩增信号形成。经优化PCR体系后,该方法的基因组DNA检测灵敏度为13.78拷贝/PCR,纯培养物灵敏度
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