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本文指出农业科研事业单位科研经费管理中存在的制度修订相对滞后、管理难度大、项目管理与经费管理脱节、预算编制不合理、会计核算不规范、科研项目经费结余管理不规范等问题,提出加强内部控制、明确各方责任、进一步提高财务人员专业素质、加强对种研人员的培训、搭建科研管理和经费管理一体化信息系统、建立合理薪酬制度等对策建议,以确保农业科研经费的有效管理。