【摘 要】
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目的 了解2008年北京地区肠道病毒A组16型(CA16)的全基因序列特点,积累CA16流行病学资料.方法 收集北京地区2008年手足口病(HFMD)患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品BJC
【机 构】
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中国药品生物制品检定所北京100050北京大学医学部北京市疾病预防控制中心
【出 处】
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2010年中国药学会大会生物制品研发新进展论坛暨生物制品专业委员会筹备会议
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目的 了解2008年北京地区肠道病毒A组16型(CA16)的全基因序列特点,积累CA16流行病学资料.方法 收集北京地区2008年手足口病(HFMD)患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品BJCA08,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA.利用RT-PCR扩增CA16全长基因,并进行序列测定.利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树.结果 扩增得到涵盖CA16全基因组的4个片段,测序后拼接为CA16全基因组,命名为BJCA08株.BJCA08的5非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3非编码区(UTR)、全基因组的核苷酸与GeneBank中的6株CA16全长进行序列比对.BJCA08与病毒株SHZH05、SHZH00、TW01、GZ08的核苷酸同源性较高,在各区域核苷酸同源性分别为96.5％～97.3％、93.5～97.1％、94.2％～99.7％、84.8％～94.6％、96.5％～98.8％、94.2％～94.6％.与病毒株G10和FY08的核苷酸同源性较低(＜90％).基于VP1和VP4进行基因分型,BJCA08均属于C1亚型.利用VP1和VP4对收集的GeneBank序列进行基因分型,结果基本相同.在VP1区,BJCA08与各亚型CA16病毒株的氨基酸同源性为90.9％～100.0％.结论 2008年北京地区HFMD患儿中CA16病毒分离株BJCA08为C1亚型,加强CA16病毒全基因组的研究,对HFMD防控具有重要意义.
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