科学自主和学术自由是科学共同体的根本组成要素和本质属性,也是科学建制赖以存在的基础。科学的自主性意指,科学对其社会环境的依赖与科学独立的核心能够自我决定和自我发展这样两种因素之间的张力;也就是说,科学共同体要力图把科学的外部影响纳入到科学自身运动的固有逻辑之中,维持科学的相对独立性。科学获得自主有一个历史过程。科学自主的特征是相对性、协商性、惯例性。学术自由具体到科学,主要指科学研究自由。学术自由是由基础科学、科学价值中性和科学家的角色特点决定的。学术自由是科学创造的根本保障,直接有利于科学自身的进步,从而在长远上也有益于整个社会。限制和破坏学术自由的恶果是相当严重的,必须维护和坚守学术自由。基础科学是无法计划的,这是基础科学或基础研究的本性。计划科学往往导致不良后果乃至恶果。