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经办机构法人自主权是指经办机构法人在不违反国家法律的基础上所拥有的调配使用经办机构的人力、物力、财力的权利。国务院《“十二五”期间深化医药卫生体制改革规划暨实施方案》中明确提出:“要按照管办分开原则,完善基本医保管理和经办运行机制,明确界定职责,进一步落实医保经办机构的法人自主权,提高经办能力和效率”。