党的十八届三中全会《决定》提出了深化教育领域综合改革的任务，要求完善学校内部治理结构。完善大学治理结构，是深化高等教育改革的重要内容，其核心是建立健全立德树人的治理理念、制度框架和运行机制。完善大学治理结构，应正确处理大学与政府、大学与社会以及党委领导与校长负责、行政权力与学术权力等关系。
　　正确处理大学与政府的关系。以政府加快转变职能、推进简政放权为契机，进一步理顺二者关系。明确政府与大学各自的职能职责，政府主要履行对高等教育的统筹规划、政策引导、监督管理等宏观职能，大学则对教学科研、学科专业和管理机构设置、人事分配制度、资产资源分配使用等负责。政府不应直接干预大学内部事务，大学不能违背国家法律法规和宏观政策自行其是，二者应按照协商和合作的现代治理理念搞好良性互动。加快推进政校分开、管办分离，政府应进一步转变职能、简政放权，扩大和落实大学办学自主权；善于运用法律、规划等手段，加强对高等教育的宏观管理，引导和规范大学办学行为，既防止放任自流，又避免管得过死。
　　正确处理大学与社会的关系。重视发挥企业、行业组织和社会团体在大学治理中的作用，构建更加开放的治理结构，实现有效的共同治理，推动大学更好适应经济社会发展需要。扩大社会参与，建立企业、行业组织等社会力量参与大学管理、支持大学发展的新机制，使大学既能充分利用各种社会资源促进自身发展，又能更好地承担公共责任、接受社会监督，维护外部利益相关者的权益。推进专业评价，扶持教育评估机构等社会中介机构发展，鼓励和支持它们对大学学科专业水平、人才培养质量等进行评估，使高等教育质量评价从政府评价为主转向社会评价和市场评价为主，逐步做到管、办、评分离。引入竞争机制，改变政府过度保护大学的现状，改变大学长期难以对社会和市场需求变化作出快速反应和有效应对的现状，实行奖优罚劣、优胜劣汰，使大学真正面向社会和市场办学，为大学发展注入新的动力和活力。
　　正确处理党委领导与校长负责的关系。党委领导下的校长负责制，是我国大学领导体制长期探索和发展的历史选择，必须毫不动摇地坚持。但在实践中如何科学划分党委和行政的权限、保证管理效率，一直困扰着许多大学。根据有关法律法规和政策规定，高校党委作为领导核心，除了管党的建设、思想政治等工作外，还要负责学校重大决策、重要人事任免、重大项目安排和大额度资金运作“三重一大”等事项的决策。这在客观上带来大学党政权责交叉重叠等现象，并由此导致一些矛盾。对此，应认真贯彻去年10月中共中央办公厅印发的《关于坚持和完善普通高校党委领导下的校长负责制的实施意见》精神，健全和完善议事规则和决策程序，确保大学党政各司其职、各负其责。同时，强化民主协商意识，弘扬优良传统作风，做到团结协作、密切配合。
　　正确处理行政权力与学术权力的关系。在这个问题上，关键在于规范行政权力运行、提升学术权力地位，使二者各归其位、各尽其责。规范行政权力运行，一个不可回避的问题是推动大学去行政化。应当看到，在我国，大学是教育和学术组织机构，还是社会组织机构，承担一些社会职能，具有行政管理特征。一个时期以来，大学过度行政化问题备受关注和非议。所谓大学过度行政化，是指大学内部行政管理体制与政府行政管理体制过度对接，导致大学管理过度多层化和官僚化，影响大学办学质量和效率。解决这个问题，须坚持立足现实、积极稳妥的原则，通过逐步取消大学行政级别、改革大学校长遴选制度等，使大学行政权力主要用于为师生和教学科研服务。大学的学术权力主要包括两个方面：作为个体的学术权力，是专家教授个人拥有并被同行认可的学术水平、学术声望的体现；作为组织的学术权力，是通过个体学术权力的部分让渡而重建的契约性权力，这种权力经过法律认定更具有权威性，我国大学的学术委员会就具有这种属性和职能。提升学术权力地位，要求大学加强学术组织建设、完善学术管理制度、强化学术权力作用，发挥专家教授在学术评价、学科专业建设、学术资源配置等学术决策和管理中的重要作用。