谷氨酸棒杆菌不同生长时期非编码sRNA的预测与鉴定

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【目的】探究与挖掘不同生长时期谷氨酸棒杆菌(Corynebacterium glutamicum)中潜在的sRNA(Small non-coding RNA,sRNA)。【方法】检测不同时期和不同工业改造的谷氨酸棒杆菌菌株的RNA-Seq数据构建表达文库,通过sRNA-Detect和APERO两种方法构建潜在的sRNA数据库。以RT-PCR方法,检测sRNA的表达并通过生物信息学方法,分析潜在sRNA的调控位点、二级结构及保守结构域。【结果】构建了包含2 653条潜在sRNA的数据库,依据其相较于CDS区域的位置进行分类、预测功能。发现了在高GC革兰氏阳性菌中普遍存在的sRNA00130,随生长时期表达量变化的sRNA00257,常时高表达的sRNA02036、sRNA02037等sRNA。依据自由结合能预测潜sRNA可能的结合位点、二级结构,预测结果显示潜在的sRNAs同多种细胞复制、代谢通路基因相关。大多数潜在sRNA仅在谷氨酸棒杆菌中具有保守性。【结论】谷氨酸棒杆菌潜在sRNA的发掘对于填补谷氨酸棒杆菌生长调控机制的空缺具有重要作用,提供了新的可能的调控工具与改造位点。
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