当前，劳动关系矛盾在改制企业和非公有制企业中显得较为突出，在劳动就业、工资分配、劳动保护、劳动福利和社会保障等方面，工会维护职工合法权益任务比过去更为紧迫和重要。工会一切工作都离不开工会干部。工会干部特别是企业工会干部在履职中，势必与企业行政方就各种争议或矛盾进行交涉、协商。特别对企业克扣职工工资、不提供劳动安全卫生条件、随意延长劳动时间等严重侵犯职工劳动权益现象，工会干部有责任代表职工与企业交涉，要求企业采取措施予以纠正。这使得企业工会干部处于矛盾焦点，其权益受到侵犯的情况时有发生。
　　正本清源：谁对工会主席有用人自主权
　　作为企业工会主席，具有企业职工和企业职工利益代表者和维护者双重身份。根本上讲，职工身份不仅是工会主席身份的基础，更是生存基础。为了生存，他得履行作为员工应履行的职责，遵守企业为员工设定的行为规范、劳动条件和劳动标准。而工会主席身份，又要求他履行相应职责，对企业为员工设定的行为规范及劳动条件和劳动标准中的不合法不合理部分提出意见和建议，督促和监督企业改正。
　　事实上，工会主席在企业的双重身份，意味着与企业形成两个不同的法律关系：劳动关系和工会关系。这是两个有联系又有区别的法律关系。工会主席作为公司员工，他与企业形成的关系是劳动者和用人单位之间的劳动法律关系。而作为工会主席，他与企业所形成的关系是社团法人和企业法人间的工会法律关系。作为公司普通员工，在实际劳动过程中与企业是隶属关系，是被管理和管理关系。而作为企业工会主席，与企业行政是平等关系，企业对工会主席没有行政管理权，只有平等协商、签订及履行集体合同并接受工会监督义务。工会主席角色决定了他应履行维护职工合法权益职责，这较易引起矛盾，企业很可能使用对员工的管理权了结与工会主席的矛盾和由此引发的纠纷。因此，必须对企业行政管理权加以制衡，才能保证工会主席合法权益不受侵害。《工会法》就是向工会权利即职工集体劳动权利倾斜的法律，起着对企业权力制衡的作用。
　　《工会法》第九条规定，“各级工会委员会由会员大会或會员代表大会民主选举产生。工会会员大会或会员代表大会有权撤换或者罢免其所选举的代表或工会委员会组成人员。”
　　所以，企业若以《劳动法》规定为由解除或终止工会主席劳动合同时，应首先按《工会法》要求看其是否符合罢免工会干部身份的条件，在工会干部身份没有免除之前，企业无权解除和终止其劳动合同。
　　制度创新：打破企业工会对行政的依附
　　工会制度创新。如今，职工与企业日益分化为不同利益主体，特别在非公企业，工会自身先天不足，工会和企业的关系一开始就不对等，既不利于工会主席维护职工权益，也不利于其维护自身权益。对职工而言，成立工会实际意义在于由工会代表职工争取权益，而要实现这一点，工会在财务及人事的独立至关重要。可以从行业性工会、区域性工会角度进行结构性变革，建立真正独立于企业之外的工会组织系统。
　　从现实情况看，一些非公企业集中地区，已在探索这一模式。一些区域性、行业性工会联合会已在一些发达省份和地区建立。由区域性工会和行业性工会与相应雇主组织协商，签订集体合同，避免或减少基层企业工会主席与企业主的直接矛盾，实现保障职工群体权益目的。同时，通过建立街道、乡镇、经济园区及村、居委会一级的“三方协调机制”、“工会劳动法律监督委员会”、“职工法律援助中心”、“劳动争议调解委员会”等工作机构，在基层企业工会面临维权难题时，运用以上工作机制给予有效帮助，尽量避免企业工会主席孤军作战。
　　工会干部管理制度创新。工会干部是同级党委主管，上级工会协管。经济转型后，落实起来很难。非公企业，大部分没有党组织，即使建立党组织，其对人事的领导监督作用也有限，工会干部职务升迁、待遇高低、是否续签合同，也大多是经营者说了算。
　　当前，条件成熟的区域和行业工会主席可由会员“海选”产生，工会干部由上级基层工会直接管理。尤其中小型非公企业， 可进行工会干部职业化和社会化改革。向社会公开招聘工会工作者，通过上级工会对应聘者政策水平、工会理论、企业管理知识、法律知识等一系列考核，将合格者纳入工会专职干部人才库，在新建企业组建工会时，从人才库里挑人，以“工会筹建人”身份派往企业。通过工会筹建人做职工和企业老板的工作，企业正式成立工会，在工会成立大会上经过会员民主选举程序将工会筹建人正式选为该企业工会主席，其工资由上级总工会支付。这样可切断工会主席和企业的依附关系，有利于工会切实维护职工合法权益。
　　针对基层工会主席兼职化较普遍、工会作用发挥不充分问题，部分基层工会还试行向大中型非公企业和外商投资企业直接选派工会主席做法。
　　派驻干部任职期间与原单位工作脱钩，在原单位开支、享受原单位的福利待遇。派驻干部在任职期间有三项主要职责：一是依法建立健全所在企业工会，加强工会组织建设，培养工会干部后备力量，使非公企业工会工作走上制度化规范化法制化轨道；二是切实履行非公企业工会职责，依法有效维护职工合法权益，提升非公企业独立开展工作能力；三是围绕企业中心工作，发动和组织职工围绕企业生产经营，开展献计献策、建功立业活动，推进非公企业健康发展。
　　建立上级工会维护基层企业工会主席合法权益机制。首先，建立上级工会保护企业工会干部责任制，明确工会干部权益保护的程序和第一责任人，当企业工会主席权益受到侵害时，上级工会要及时伸出援助之手，形成有效的“上级工会代表下级工会”、“上级工会维护下级工会”保护机制，同时，在县以上地方工会设立保护工会干部专项经费，为企业工会干部依法维权提供经济保障。经费来源可从本级工会经费中列支，也可通过其他渠道多方筹集。对因履行职责受到打击报复或不公正待遇及有特殊困难的企业工会干部，上级工会应提供保护和帮助，必要时应与政府有关部门一起依法干预，直到问题解决。上级工会要积极与企业工会及行政协商，在本级经费留成中给予企业工会干部适当补贴。
　　这样有利于上级工会为发展服务、为基层服务、为职工群众服务工作主旨得到具体的体现和落实，同时也有利于企业工会干部自身权益的保护。