Tfam基因敲除对树突状细胞基因表达的高通量RNA测序分析

来源 :广州医科大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:a547189644
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目的:研究线粒体核转录因子Tfam对CD11c+树突状细胞的基因表达的影响,为进一步探讨Tfam参与调控细胞免疫反应提供新的分子机制。方法:利用条件性基因敲除技术,进行打靶载体的设计和构建,基于Cre/loxP重组酶系统建立表达CD11c特异性敲除Tfam基因的小鼠模型。利用磁珠分选试剂盒分选小鼠脾脏的CD11c细胞,并通过流式细胞仪验证分选纯度(90%以上)。用Trizol法抽提CD11c+树突状细胞的RNA,利用mRNA转录组测序检测CD11c+树突状细胞的基因表达谱。通过生物信息学方法比较2组细胞间的显著差异表达基因(DEGs)。通过GO、KEGG富集分析差异表达蛋白质编码基因功能。结果:以Tfamfl/fl小鼠脾脏组织分选的CD11c+树突状细胞为对照组,2组小鼠共筛选出140个差异表达的基因,其中上调的基因有84个,下调的基因有56个。采用组间log2FC≥0.585且P值≤0.05的基因筛选为DEGs,2组细胞共筛选出48个DEGs,其中28个DEGs表达上调,20个DEGs表达下调。GO分析富集到的DEGs与细胞杀伤的积极调节与免疫系统过程的调节等有关。DEGs的KEGG富集分析到的通路主要与恰加斯病、松弛素信号通路等通路有关。结论:Tfam基因敲除的CD11c+树突状细胞DEGs主要富集在免疫系统过程的调节、免疫相关的反应、线粒体代谢、线粒体基因的表达等,为探讨Tfam调节CD11c+树突状细胞免疫功能提供了相关的分子机制基础。
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