【摘 要】
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目的 通过生物信息学方法探索影响Ⅳ期结直肠癌（colorectal cancer,CRC）患者淋巴结转移相关的核心基因，为进一步对转移相关的潜在机制的探索提供线索。方法 本研究通过对GEO数据库进行检索，选择GSE63596的表达谱芯片进行后续研究。采用Agilent微阵列技术对所有15例患者的mRNA谱进行分析。差异分析采用LIMMA包进行运算，统计学过滤条件为:|Log2FC|＞2,P ＜0.
【基金项目】
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广西自然科学基金项目（2020GXNSFAA297170）；
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目的 通过生物信息学方法探索影响Ⅳ期结直肠癌（colorectal cancer,CRC）患者淋巴结转移相关的核心基因，为进一步对转移相关的潜在机制的探索提供线索。方法 本研究通过对GEO数据库进行检索，选择GSE63596的表达谱芯片进行后续研究。采用Agilent微阵列技术对所有15例患者的mRNA谱进行分析。差异分析采用LIMMA包进行运算，统计学过滤条件为:|Log2FC|＞2,P ＜0.05。采用加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）方法筛选出与CRC淋巴结转移相关的靶基因并构建预测模型。软件包glmnet，整合生存时间、生存状态和基因表达数据，利用LASSO回归分析，以获得最优模型。结果 通过对GSE63596的表达谱芯片差异分析，提示有501个基因在淋巴结阳性的肿瘤中表达上调，另外有102个基因表达下调。通过R语言软件中cutree Dynamic和module Eigengenes函数绘制聚类图，去除相似模块的影响，共得到15个模块，结果发现淋巴结阳性与drakgrey模块显著相关（cor=0.64,P=0.01），构建PPI网络后刷选出8个Hub基因。利用LASSO回归分析，以获得最优模型。设置Lambda值为0.0407，构建的模型公式为Riskscore=（0.1454）*DGAT1+（-0.0684）*GDPD3+（0.1404）*PDZK1IP1+（-0.1724）*PLA2G10。结论 筛选出与CRC转移相关的4个基因，可为CRC发生、转移和治疗的研究提供参考。
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