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全国或许有些夸张，但至少在福建省内，目前应该还找不到第二个人能引起比方舟子更大的争议。不管对错与否，方舟子的每一场论战，闹到后来几乎都是人尽皆知。在社会热门事件中，也从来不乏他的身影。
“冰桶挑战”最近火得不行，各路IT名人、明星公知纷纷加入其中，从雷军到李彦宏，从周杰伦到章子怡，看得人好不眼花。一向高调的陈光标更是来了个极限挑战，直接泡冰桶里去了，还发微博称水温“零下20度”。不过这次标哥马失前蹄，叫方舟子给抓住了小辫子：“这个（温度）也该报告党中央申报诺贝尔奖吧？”
方舟子向公众人物开炮，这样的例子一抓一大把，就像方舟子在接受媒体采访时曾说过的：“至少目前还没有我不敢揭发的人物。”
不吐不快
2010年，张纪中之妻、央视导演樊馨蔓在《世上是不是有神仙》中首次推介了李一的辟谷等养生术。这本书刚出来的时候，包括李亚鹏、马云、敬一丹等在内的一众名人，无不推崇备至，对书中主角李一深信不疑。
李一的成名，迅速而热闹，随着幕后机构的推动、媒体的报道甚至追捧，这个号称弟子三万、身怀“驾驭220伏电”绝技、“能够水下闭气两小时”的“神仙”，成为了新一任“养生达人”。
虽然也有网友和医学专家发出质疑，不过直到“打假神人”方舟子的招数使出来，才让这件事真正有了眉目。
“李一说他在水下闭气两小时，打破了吉尼斯世界纪录，我就查纪录，发现根本没有李一，而且真正的纪录也就10分钟多一些。然后我又看他在凤凰卫视拍摄的视频，发现他在‘水下闭气’时，衣服没有湿，头发也没有乱，所以明显不是在水下闭气，就是一个杂技而已。他只是坐在空气的夹层中，所以我当时就写了分析文章。”在方舟子眼里，李一就是个懂得营销的人，“如果你标新立异，最好是找名人来帮你。有两类名人最能利用，一类是企业界的人士，一类是娱乐界的人士。”
方舟子毫不留情地打李一的假，无疑是给了所有相信李一的人一个响亮的耳光。而揭露伪科学、中医、风水，最大的阻力其实还是在民间，当时很多人对方舟子的做法非常反感。
“打假不可避免地会得罪人。打得越多，得罪的人可能也会越多。”当时是方舟子打假的第10个年头，每年大大小小上百起的打假事件，似乎没有让他感到丝毫的疲倦。
“走上这条路，我想还是性格使然，看到那么荒唐的事情没有人出来揭，我自己如骨鲠在喉，不吐不快。”就在众人怀疑观望的时候，方舟子为自己的行为做出了这样一番解释。“出名并非动力，但我也不排斥、回避出名。毕竟，出了名有助于推广自己的理念，揭露学术腐败，由出名的人出来揭露比不出名的人也更有影响力。至于利，那更是无利可图。”
“我是一个对真相有洁癖的人。”方舟子说。
2000年，不仅对接了两个世纪，也是方舟子人生的转折点。这一年8月，他注意到了一则报道：中国留美生物学家陈晓宁将世界三大基因库带回了国内，这标志着中国已经掌握了国际顶尖的基因技术。为此，陈晓宁还被冠上了“基因皇后”的名号。
“在美国花几千美元就可以买到的东西，怎么被吹嘘成独一无二，价值无法估量呢？而且在华人科学家当中，出了这么一位世界顶尖级的生物科学家，我也是搞生物出身的，居然都没有听说过！所以我就查了一下，发现这个基因库不是他们实验室做出来的，而且这个基因库，国内早就有了，1998年就有了。”方舟子趁热打铁，联络了88位生物学者，在新语丝网站上发表了公开信，质疑该基因库的价值。
事实上陈晓宁只是洛杉矶一所私营医院的技术人员，挂名加州大学附属副教授，回国时却成了美国洛杉矶塞达西纳医学中心分子遗传实验室副主任、美籍华人科学家。
在一片质疑声中，跟踪报道接踵而来，陈晓宁被方舟子的笔杆子“赶”回了美国。
几个月后，方舟子再次发力，揭露国内流行的珍奥核酸等“核酸营养品”的伪科学作用，最后卫生部、国家工商总局认定珍奥核酸做虚假宣传。
这是方舟子最难忘的一次打假：“当时刚刚开始打击学术腐败，涉及的案例还不多；这个案例牵涉到了众多生物化学界的人士，一个学过生物化学的人都知道是骗局的东西，竟然有那么多中国的生物化学家在为之捧场、狡辩，令我这个学生物化学出身的人感到震惊。”
相隔不久的两次轰动全国的学术打假事件，让方舟子迅速成了知识界里的红人，是非也随之到来。
2001年10月，方舟子被人“捅了一刀”，华中科技大学同济医学院附属协和医院泌尿外科主任肖传国向美国《科学》杂志举报方舟子抄袭该刊论文，虽然后来事情不了了之，两人却就此结下了梁子。4年后，方舟子指出肖传国的“肖氏反射弧”并没有得到国际公认，又对其简历提出了质疑，舆论哗然，肖传国评选中科院院士的事也告吹。2010年，怀恨在心的肖传国，找人袭击方舟子，结果东窗事发，倒把自己送进了监狱。
“方舟子10年打假，把该得罪的人全都得罪了。”方舟子的律师彭剑说，“他是中国树敌最多的人。”
因为打假而招来的打击报复，没有就此打住，只是接下来发生的事，却有些出乎人们的意料。
2011年4月，深圳大学传播系副主任孙海峰发微博称，方舟子之妻刘菊花的硕士毕业论文存在大量抄袭，并靠给官员当保姆被推荐读研究生。中国科学院植物研究所研究员付德志更是发了218篇博文，直指刘菊花硕士论文造假。更有意思的是，在联合署名敦促社科院调查刘菊花的156人里，大部分都被方舟子打过假。
方舟子当然不会怯场，他先是将付德志告上了法庭，又在网上征集孙海峰的论文，宣布要打他的假。不过如此过激的反应，难免遭人诟病。《南方周末》评论称：“公众基于信任把打假的公共权力让渡给方舟子，方舟子怎么能够用它去‘镇压’反对者？他怎么可以先宣布要打某个人的假，然后再去找材料？”
一直和方舟子交好的方玄昌并不这么看：“方舟子健康的性格，显然与其在美国的求学经历、接受科学训练的过程有关。可惜，在中国这片极不健康的土壤、一个病态社会中，一个具有真正健康性格及心智的人，反而会被一些人看成是病人。方舟子如同一个身处精神病院的健康人。” “揭露了一些人，因此连累到家人，这是我觉得比较内疚的一件事。他们攻击我，我无所谓，但是攻击我的家人、甚至攻击我的小孩，我怕连累了他们，他们本来可以过比较安宁的生活。”方舟子表达了对此事的看法。
早期的方舟子致力于学术打假，只是因为科学精神使然，因而他的行为可以获得大多数人理解和认同。不过后来他打假的一些方式，有些人便不能接受了，以至于反对的声音越来越多。
对真相有洁癖
方舟子的打假对象逐渐发生了变化，从学术界渐渐延伸到了公众名人。
在被方舟子打假的众多名人里，“打工皇帝”唐骏可能是最狼狈的一个了。从2010年7月开始，方舟子就在微博上不断发布唐骏学历、求学及工作经历造假的信息，一路穷追不舍，对唐骏拿出的证据不断质疑。
“如果是一个普通的公民，平时喜欢吹吹牛，没有博士学位，说我有一个博士学位，去买一张文凭等等，这个没有什么害处，我们没有必要说非得去挑他，但对唐骏这种人，在美国，完全知道这个学校是怎么回事，然后就是为了神话自己，为了给自己笼罩上一个光环，但这是一个虚假的光环，会误导很多人的。”方舟子说。
唐骏方面百口莫辩，后由出版唐骏自传的出版社出来扛了罪名，称学历失实是因出版环节出了差错。这件事成了罗生门，方舟子表示一定要继续找证据证明唐骏说谎。微博论战持续了十几个月，方舟子仍旧不达目的誓不罢休。
有网友表态：“唐骏的个人能力是真的就行了，学历有那么重要吗？”
方舟子反驳道：“我为什么要去置疑唐骏的这些经历，因为他不是一个普通的商人，而是一个公众人物，变成了一个所谓的青年导师、青年领袖，很多人都崇拜他，然后他是要讲自己的成功故事的，而且认为大家可以复制他的成功，如果他造假，如果他的诚信有问题，那么这个危害就很大。”
过了将近两年，唐骏才从“学历门”中缓过劲来，正式向公众道了歉。
2011年，方舟子又盯上了创新工场创始人李开复，质疑他“卡内基·梅隆大学最年轻副教授”的身份。李开复迅速做出了回复，以卡内基·梅隆大学的官方介绍、博导的邮件等证据自证清白。
作为网络上知名的“人生导师”，李开复遭受质疑后，马上有一大批IT界、投资界知名人士站出来声援他。“本来是想停了，刚才被‘天使’们给恶心着了，干脆写篇长篇的。”方舟子不惧围攻，很快又发了篇3000多字的博文，针对更多细节提出了异议。
在方舟子一连串炮轰下，仅仅一个星期，李开复就败下阵来，声明对自己的书中不严谨、不谦虚的部分——分——例如把“助理教授”拔高为“副教授”——表示道歉，将“虚心接受、深表歉意并将做出修改”。
此事过后，有人便总结道，被方舟子盯上了，千万不要反抗，越反抗越惨。
面对方舟子，就连一向“放荡不羁爱自由”的韩寒都有些招架不住。2012年春节前后，“韩方大战”在微博上闹得人尽皆知。
一开始挑起事端的是知名博主麦田，他发文质疑韩寒代笔，韩寒开出了2000万元的悬赏，征集代笔证据，自证清白。随后方舟子的加入，让这件事变得更加热闹起来。范冰冰为了支持韩寒，甚至追加了2000万元赏金。
方舟子围绕韩寒的文章，做出一系列分析，表示他不可能写出这样的文章，又对韩寒参加新概念作文大赛的细节提出疑问，还列出了幕后推手的“嫌疑”对象。韩寒晒出《三重门》手稿，方舟子称其伪造；韩寒讲述在新概念作文大赛复赛现场写《杯中窥人》经过，方舟子称其事先背诵……
这场论战，让靠笔头吃饭的作家们坐不住了，如何证明文章是自己写的，成了最大的难题。
面对方舟子的连环轰击，他的福建老乡、“微博女王”姚晨看不下去了：“服了，从年前吵到年尾，吵得乐此不疲。换作是我，真没这耐心，早走法律程序，自证清白。法律上叫啥来着？好像是诽谤罪。”
易中天也跑出来说话：“第一，方舟子有权质疑韩寒，其他人也一样。第二，有权不等于一定要用。第三，如果作家在世，又不存在署名权纠纷，而且没有过硬的证据，这种质疑，就涉嫌对作家人格的羞辱和诽谤。因此，本案是方舟子‘正当权利的不当使用’。”
对于质疑韩寒的原因，方舟子初衷不改：“对唐骏和李开复针对的是学历、履历，没有涉及文章是否代笔，完全是两回事。但是，也有相同的地方，这几个人都被包装成青年导师和青年偶像。我觉得如果一个青年导师或青年偶像被发现有不诚信的行为，对社会的影响是非常恶劣的，值得把它揭开，让事实真相显露出来。”
对于“偶像”这两个字，方舟子似乎特别敏感，王菲、林志颖、乐嘉、周立波，这些名字的背后，是一群群数量庞大的粉丝。和名人展开论战，就不可避免地要直面粉丝们的攻击，许多人都因粉丝“惹不起”而败下阵来，而方舟子以一敌万，游刃有余，展示出的强大战斗力，令人叹为观止。
当被问及是否会退出与韩寒的争论时，方舟子肯定地回答：“一开始本来就没有想进去，既然进来了，按我的性格，我是不会像麦田一样赶快退出，我不会退出。”
“如果有一天面对方舟子的质疑，那别管什么事，立即道歉认错。”对比“韩方大战”前韩寒在接受媒体采访时说过的这句话，最后的结果比他的小说还要戏剧化：韩寒以一篇《孤芳请自赏》结了个烂尾，表示“我不再理会方舟子先生了”。
虽然方舟子曾明确说过，“打假”并不是他的职业，“我和他们无冤无仇，纯粹是个人行为，必然带着情绪”，不过他的不依不饶，也是出了名的，许多次的打假，发展到后来都演变成了骂战。
方舟子自己却不这么看：“即便我用语很尖刻，很不留情面，但我并非语言霸权，而是摆出事实依据。倒是批评我的人，给我扣帽子，但并没有指出我哪里错了。”
真相总是“剪不断，理还乱”
就在韩寒“代笔门”过去不久，方舟子又质疑起了另一位少年成名的作家蒋方舟。他连发3条微博，称蒋方舟小时候靠母亲“代笔”，长大了靠自己“抄袭”。对此，蒋方舟很淡定，只是做出了“不回应，别理他”的回答，没有让事态扩大。 时政评论人李剑芒猜测：“打韩寒让方舟子的基金（科技打假资金募集小组）从90多万翻到了270万，因此他看到了打击代笔给他带来的财产好处，希望再来一笔。”锤子科技创始人罗永浩也发微博：“基金没公布过一次支出明细，包括方舟子的安保费用花了59万。曾经说的欢迎监督哪去了？”对此，方舟子嗤之以鼻：“我认为在他们的要求下公示，显得看得起他们了。故我决定适时公示，自己感觉空闲方便时再公示。”
也有人认为这件事和方舟子的死对头南方报系深有瓜葛，针对这点方舟子表示：“蒋方舟和韩寒碰巧都是南方报系捧出来的‘天才’。不过我打他们都是碰上的，不是因为南方报系的关系。”
相较于韩寒、蒋方舟，方舟子和南方报系之间的恩怨似乎更有看头。2011年12月，方舟子发微博爆料：“此事我一直保密到现在，这些人居然污蔑我没守信用泄露秘密，那我就成全你们：石扉客当时代表南方某报刊想整重庆公安局局长王立军的黑材料，找我咨询王立军的学历和学术成果有没有问题。我看了他提供的材料，告诉他看不出有问题。他们的报道就做不下去了。然后石扉客就到处造谣攻击谩骂我直到现在。”
很快石扉客回复：“只因为半年前肖传国事件，我支持了一下魏寒枫对你的善意提醒，你就造谣说我假冒记者采访你？到今天，你居然做出这样更无底线的事情！”
且不论双方不断“互动”是否存在打击报复的嫌疑，其实，被方舟子称为“黑媒”的《南方人物周刊》，早在2005年时就得罪了他。这一年，也是媒体对方舟子妖魔化的起始。
“2005年《南方人物周刊》采访我之前，其编辑部有一份如何通过采访抹黑方舟子的策划书，后来落到我手里。”在方舟子公布的这份策划书上，明确写着：“可“可以指出他的问题？让他发怒？逻辑上自相矛盾的地方？通过他的个人生活，成长经历和性格特征，说明他的极端化？”
“我说这是一家黑媒体，把那几个记者列入不良记者名单，有充足的理由。有哪份杂志哪个记者现在还想替他们出头，请便，那份名单可以一直列下去，上去了就别想再下来。我只给人一次机会。”方舟子在微博中态度强硬。
在方舟子成名初期，《南方周末》还曾为他摇旗呐喊，然而在后来的报道中，他却成了个狭隘、偏激、不可一世的人。为此，方舟子专门针对《南方周末》的两篇文章写了《<南方周末>是如何构陷我的》澄清事实。
不管真相如何，多年来，分道扬镳的剧情在方舟子身上已经上演了不止一次。
罗永浩曾是方舟子的支持者，2006年两人闹翻，开始写文“互殴”。按方舟子的解释，是因为罗永浩曾请求他把文章中的一个词改掉，免得伤了某人的面子，被方舟子拒绝了。
如果方舟子说的是事实，那么他应该是个很理性的人，然而从某些事情上看，他又显得有些“感情用事”。
上世纪90年代，同为福建人的生物学家陈章良深陷“恐龙蛋基因研究造假”漩涡，在强大的质疑声中，方舟子始终坚定不移地支持陈章良，甚至到了“谁敢批评陈章良，就打谁的假”的地步。
网络上言辞锋利的方舟子，在朋友眼里，是个“性情温和、不大说话”的人。
好友司马南说：“方舟子是一个不食人间烟火的人，他很纯粹，做事情不屑按世俗常理出牌。”
方玄昌评价他：“生活简朴，大多数时间都花在写作和看书上，平时花费很少，他也极不看重钱财。在我们受袭击之后，有一个南方来的支持者要捐助给他个人一百万，他当场拒绝。”
方舟子称自己有英雄情结，“英雄主义和理想主义是我最重要的两个特点。”他曾在诗里写道：“或者我只是一个路标/为迟来的黑马王子指路/或者我将成为一块化石/千年之后骄傲地向你呈献。”
“我的思维方式很受西方科学传统的影响，有一说一，有二说二。你有多少证据，就说多少话。西方人批评别人是不留情面的，不像中国人要顾脸面。”方舟子说。
“年幼的方舟子就是一个耿直的人，有什么说什么，不会憋屈在心里，他认为老师的话有不合理的地方，就直接指出来，敢跟老师争辩。而他始终有一颗探求世界的好奇心，小学时就经常把老师问倒，有的老师因此不再理会他。”方舟子的老同学柳志栋说。
这么多年过去，方舟子初心不改。他1989年发表在《创世纪》上的诗作《最后的预言》，是他微博头像旁一直保留不变的“座右铭”，或许可以为他的行为做一个注解：“握紧我的手/让我的图腾烙在你的手上/请传递这一把火/直到/百年之后/我所有绝望的嘶叫凝固。”
“冰桶挑战”最近火得不行，各路IT名人、明星公知纷纷加入其中，从雷军到李彦宏，从周杰伦到章子怡，看得人好不眼花。一向高调的陈光标更是来了个极限挑战，直接泡冰桶里去了，还发微博称水温“零下20度”。不过这次标哥马失前蹄，叫方舟子给抓住了小辫子：“这个（温度）也该报告党中央申报诺贝尔奖吧？”
方舟子向公众人物开炮，这样的例子一抓一大把，就像方舟子在接受媒体采访时曾说过的：“至少目前还没有我不敢揭发的人物。”
不吐不快
2010年，张纪中之妻、央视导演樊馨蔓在《世上是不是有神仙》中首次推介了李一的辟谷等养生术。这本书刚出来的时候，包括李亚鹏、马云、敬一丹等在内的一众名人，无不推崇备至，对书中主角李一深信不疑。
李一的成名，迅速而热闹，随着幕后机构的推动、媒体的报道甚至追捧，这个号称弟子三万、身怀“驾驭220伏电”绝技、“能够水下闭气两小时”的“神仙”，成为了新一任“养生达人”。
虽然也有网友和医学专家发出质疑，不过直到“打假神人”方舟子的招数使出来，才让这件事真正有了眉目。
“李一说他在水下闭气两小时，打破了吉尼斯世界纪录，我就查纪录，发现根本没有李一，而且真正的纪录也就10分钟多一些。然后我又看他在凤凰卫视拍摄的视频，发现他在‘水下闭气’时，衣服没有湿，头发也没有乱，所以明显不是在水下闭气，就是一个杂技而已。他只是坐在空气的夹层中，所以我当时就写了分析文章。”在方舟子眼里，李一就是个懂得营销的人，“如果你标新立异，最好是找名人来帮你。有两类名人最能利用，一类是企业界的人士，一类是娱乐界的人士。”
方舟子毫不留情地打李一的假，无疑是给了所有相信李一的人一个响亮的耳光。而揭露伪科学、中医、风水，最大的阻力其实还是在民间，当时很多人对方舟子的做法非常反感。
“打假不可避免地会得罪人。打得越多，得罪的人可能也会越多。”当时是方舟子打假的第10个年头，每年大大小小上百起的打假事件，似乎没有让他感到丝毫的疲倦。
“走上这条路，我想还是性格使然，看到那么荒唐的事情没有人出来揭，我自己如骨鲠在喉，不吐不快。”就在众人怀疑观望的时候，方舟子为自己的行为做出了这样一番解释。“出名并非动力，但我也不排斥、回避出名。毕竟，出了名有助于推广自己的理念，揭露学术腐败，由出名的人出来揭露比不出名的人也更有影响力。至于利，那更是无利可图。”
“我是一个对真相有洁癖的人。”方舟子说。
2000年，不仅对接了两个世纪，也是方舟子人生的转折点。这一年8月，他注意到了一则报道：中国留美生物学家陈晓宁将世界三大基因库带回了国内，这标志着中国已经掌握了国际顶尖的基因技术。为此，陈晓宁还被冠上了“基因皇后”的名号。
“在美国花几千美元就可以买到的东西，怎么被吹嘘成独一无二，价值无法估量呢？而且在华人科学家当中，出了这么一位世界顶尖级的生物科学家，我也是搞生物出身的，居然都没有听说过！所以我就查了一下，发现这个基因库不是他们实验室做出来的，而且这个基因库，国内早就有了，1998年就有了。”方舟子趁热打铁，联络了88位生物学者，在新语丝网站上发表了公开信，质疑该基因库的价值。
事实上陈晓宁只是洛杉矶一所私营医院的技术人员，挂名加州大学附属副教授，回国时却成了美国洛杉矶塞达西纳医学中心分子遗传实验室副主任、美籍华人科学家。
在一片质疑声中，跟踪报道接踵而来，陈晓宁被方舟子的笔杆子“赶”回了美国。
几个月后，方舟子再次发力，揭露国内流行的珍奥核酸等“核酸营养品”的伪科学作用，最后卫生部、国家工商总局认定珍奥核酸做虚假宣传。
这是方舟子最难忘的一次打假：“当时刚刚开始打击学术腐败，涉及的案例还不多；这个案例牵涉到了众多生物化学界的人士，一个学过生物化学的人都知道是骗局的东西，竟然有那么多中国的生物化学家在为之捧场、狡辩，令我这个学生物化学出身的人感到震惊。”
相隔不久的两次轰动全国的学术打假事件，让方舟子迅速成了知识界里的红人，是非也随之到来。
2001年10月，方舟子被人“捅了一刀”，华中科技大学同济医学院附属协和医院泌尿外科主任肖传国向美国《科学》杂志举报方舟子抄袭该刊论文，虽然后来事情不了了之，两人却就此结下了梁子。4年后，方舟子指出肖传国的“肖氏反射弧”并没有得到国际公认，又对其简历提出了质疑，舆论哗然，肖传国评选中科院院士的事也告吹。2010年，怀恨在心的肖传国，找人袭击方舟子，结果东窗事发，倒把自己送进了监狱。
“方舟子10年打假，把该得罪的人全都得罪了。”方舟子的律师彭剑说，“他是中国树敌最多的人。”
因为打假而招来的打击报复，没有就此打住，只是接下来发生的事，却有些出乎人们的意料。
2011年4月，深圳大学传播系副主任孙海峰发微博称，方舟子之妻刘菊花的硕士毕业论文存在大量抄袭，并靠给官员当保姆被推荐读研究生。中国科学院植物研究所研究员付德志更是发了218篇博文，直指刘菊花硕士论文造假。更有意思的是，在联合署名敦促社科院调查刘菊花的156人里，大部分都被方舟子打过假。
方舟子当然不会怯场，他先是将付德志告上了法庭，又在网上征集孙海峰的论文，宣布要打他的假。不过如此过激的反应，难免遭人诟病。《南方周末》评论称：“公众基于信任把打假的公共权力让渡给方舟子，方舟子怎么能够用它去‘镇压’反对者？他怎么可以先宣布要打某个人的假，然后再去找材料？”
一直和方舟子交好的方玄昌并不这么看：“方舟子健康的性格，显然与其在美国的求学经历、接受科学训练的过程有关。可惜，在中国这片极不健康的土壤、一个病态社会中，一个具有真正健康性格及心智的人，反而会被一些人看成是病人。方舟子如同一个身处精神病院的健康人。” “揭露了一些人，因此连累到家人，这是我觉得比较内疚的一件事。他们攻击我，我无所谓，但是攻击我的家人、甚至攻击我的小孩，我怕连累了他们，他们本来可以过比较安宁的生活。”方舟子表达了对此事的看法。
早期的方舟子致力于学术打假，只是因为科学精神使然，因而他的行为可以获得大多数人理解和认同。不过后来他打假的一些方式，有些人便不能接受了，以至于反对的声音越来越多。
对真相有洁癖
方舟子的打假对象逐渐发生了变化，从学术界渐渐延伸到了公众名人。
在被方舟子打假的众多名人里，“打工皇帝”唐骏可能是最狼狈的一个了。从2010年7月开始，方舟子就在微博上不断发布唐骏学历、求学及工作经历造假的信息，一路穷追不舍，对唐骏拿出的证据不断质疑。
“如果是一个普通的公民，平时喜欢吹吹牛，没有博士学位，说我有一个博士学位，去买一张文凭等等，这个没有什么害处，我们没有必要说非得去挑他，但对唐骏这种人，在美国，完全知道这个学校是怎么回事，然后就是为了神话自己，为了给自己笼罩上一个光环，但这是一个虚假的光环，会误导很多人的。”方舟子说。
唐骏方面百口莫辩，后由出版唐骏自传的出版社出来扛了罪名，称学历失实是因出版环节出了差错。这件事成了罗生门，方舟子表示一定要继续找证据证明唐骏说谎。微博论战持续了十几个月，方舟子仍旧不达目的誓不罢休。
有网友表态：“唐骏的个人能力是真的就行了，学历有那么重要吗？”
方舟子反驳道：“我为什么要去置疑唐骏的这些经历，因为他不是一个普通的商人，而是一个公众人物，变成了一个所谓的青年导师、青年领袖，很多人都崇拜他，然后他是要讲自己的成功故事的，而且认为大家可以复制他的成功，如果他造假，如果他的诚信有问题，那么这个危害就很大。”
过了将近两年，唐骏才从“学历门”中缓过劲来，正式向公众道了歉。
2011年，方舟子又盯上了创新工场创始人李开复，质疑他“卡内基·梅隆大学最年轻副教授”的身份。李开复迅速做出了回复，以卡内基·梅隆大学的官方介绍、博导的邮件等证据自证清白。
作为网络上知名的“人生导师”，李开复遭受质疑后，马上有一大批IT界、投资界知名人士站出来声援他。“本来是想停了，刚才被‘天使’们给恶心着了，干脆写篇长篇的。”方舟子不惧围攻，很快又发了篇3000多字的博文，针对更多细节提出了异议。
在方舟子一连串炮轰下，仅仅一个星期，李开复就败下阵来，声明对自己的书中不严谨、不谦虚的部分——分——例如把“助理教授”拔高为“副教授”——表示道歉，将“虚心接受、深表歉意并将做出修改”。
此事过后，有人便总结道，被方舟子盯上了，千万不要反抗，越反抗越惨。
面对方舟子，就连一向“放荡不羁爱自由”的韩寒都有些招架不住。2012年春节前后，“韩方大战”在微博上闹得人尽皆知。
一开始挑起事端的是知名博主麦田，他发文质疑韩寒代笔，韩寒开出了2000万元的悬赏，征集代笔证据，自证清白。随后方舟子的加入，让这件事变得更加热闹起来。范冰冰为了支持韩寒，甚至追加了2000万元赏金。
方舟子围绕韩寒的文章，做出一系列分析，表示他不可能写出这样的文章，又对韩寒参加新概念作文大赛的细节提出疑问，还列出了幕后推手的“嫌疑”对象。韩寒晒出《三重门》手稿，方舟子称其伪造；韩寒讲述在新概念作文大赛复赛现场写《杯中窥人》经过，方舟子称其事先背诵……
这场论战，让靠笔头吃饭的作家们坐不住了，如何证明文章是自己写的，成了最大的难题。
面对方舟子的连环轰击，他的福建老乡、“微博女王”姚晨看不下去了：“服了，从年前吵到年尾，吵得乐此不疲。换作是我，真没这耐心，早走法律程序，自证清白。法律上叫啥来着？好像是诽谤罪。”
易中天也跑出来说话：“第一，方舟子有权质疑韩寒，其他人也一样。第二，有权不等于一定要用。第三，如果作家在世，又不存在署名权纠纷，而且没有过硬的证据，这种质疑，就涉嫌对作家人格的羞辱和诽谤。因此，本案是方舟子‘正当权利的不当使用’。”
对于质疑韩寒的原因，方舟子初衷不改：“对唐骏和李开复针对的是学历、履历，没有涉及文章是否代笔，完全是两回事。但是，也有相同的地方，这几个人都被包装成青年导师和青年偶像。我觉得如果一个青年导师或青年偶像被发现有不诚信的行为，对社会的影响是非常恶劣的，值得把它揭开，让事实真相显露出来。”
对于“偶像”这两个字，方舟子似乎特别敏感，王菲、林志颖、乐嘉、周立波，这些名字的背后，是一群群数量庞大的粉丝。和名人展开论战，就不可避免地要直面粉丝们的攻击，许多人都因粉丝“惹不起”而败下阵来，而方舟子以一敌万，游刃有余，展示出的强大战斗力，令人叹为观止。
当被问及是否会退出与韩寒的争论时，方舟子肯定地回答：“一开始本来就没有想进去，既然进来了，按我的性格，我是不会像麦田一样赶快退出，我不会退出。”
“如果有一天面对方舟子的质疑，那别管什么事，立即道歉认错。”对比“韩方大战”前韩寒在接受媒体采访时说过的这句话，最后的结果比他的小说还要戏剧化：韩寒以一篇《孤芳请自赏》结了个烂尾，表示“我不再理会方舟子先生了”。
虽然方舟子曾明确说过，“打假”并不是他的职业，“我和他们无冤无仇，纯粹是个人行为，必然带着情绪”，不过他的不依不饶，也是出了名的，许多次的打假，发展到后来都演变成了骂战。
方舟子自己却不这么看：“即便我用语很尖刻，很不留情面，但我并非语言霸权，而是摆出事实依据。倒是批评我的人，给我扣帽子，但并没有指出我哪里错了。”
真相总是“剪不断，理还乱”
就在韩寒“代笔门”过去不久，方舟子又质疑起了另一位少年成名的作家蒋方舟。他连发3条微博，称蒋方舟小时候靠母亲“代笔”，长大了靠自己“抄袭”。对此，蒋方舟很淡定，只是做出了“不回应，别理他”的回答，没有让事态扩大。 时政评论人李剑芒猜测：“打韩寒让方舟子的基金（科技打假资金募集小组）从90多万翻到了270万，因此他看到了打击代笔给他带来的财产好处，希望再来一笔。”锤子科技创始人罗永浩也发微博：“基金没公布过一次支出明细，包括方舟子的安保费用花了59万。曾经说的欢迎监督哪去了？”对此，方舟子嗤之以鼻：“我认为在他们的要求下公示，显得看得起他们了。故我决定适时公示，自己感觉空闲方便时再公示。”
也有人认为这件事和方舟子的死对头南方报系深有瓜葛，针对这点方舟子表示：“蒋方舟和韩寒碰巧都是南方报系捧出来的‘天才’。不过我打他们都是碰上的，不是因为南方报系的关系。”
相较于韩寒、蒋方舟，方舟子和南方报系之间的恩怨似乎更有看头。2011年12月，方舟子发微博爆料：“此事我一直保密到现在，这些人居然污蔑我没守信用泄露秘密，那我就成全你们：石扉客当时代表南方某报刊想整重庆公安局局长王立军的黑材料，找我咨询王立军的学历和学术成果有没有问题。我看了他提供的材料，告诉他看不出有问题。他们的报道就做不下去了。然后石扉客就到处造谣攻击谩骂我直到现在。”
很快石扉客回复：“只因为半年前肖传国事件，我支持了一下魏寒枫对你的善意提醒，你就造谣说我假冒记者采访你？到今天，你居然做出这样更无底线的事情！”
且不论双方不断“互动”是否存在打击报复的嫌疑，其实，被方舟子称为“黑媒”的《南方人物周刊》，早在2005年时就得罪了他。这一年，也是媒体对方舟子妖魔化的起始。
“2005年《南方人物周刊》采访我之前，其编辑部有一份如何通过采访抹黑方舟子的策划书，后来落到我手里。”在方舟子公布的这份策划书上，明确写着：“可“可以指出他的问题？让他发怒？逻辑上自相矛盾的地方？通过他的个人生活，成长经历和性格特征，说明他的极端化？”
“我说这是一家黑媒体，把那几个记者列入不良记者名单，有充足的理由。有哪份杂志哪个记者现在还想替他们出头，请便，那份名单可以一直列下去，上去了就别想再下来。我只给人一次机会。”方舟子在微博中态度强硬。
在方舟子成名初期，《南方周末》还曾为他摇旗呐喊，然而在后来的报道中，他却成了个狭隘、偏激、不可一世的人。为此，方舟子专门针对《南方周末》的两篇文章写了《<南方周末>是如何构陷我的》澄清事实。
不管真相如何，多年来，分道扬镳的剧情在方舟子身上已经上演了不止一次。
罗永浩曾是方舟子的支持者，2006年两人闹翻，开始写文“互殴”。按方舟子的解释，是因为罗永浩曾请求他把文章中的一个词改掉，免得伤了某人的面子，被方舟子拒绝了。
如果方舟子说的是事实，那么他应该是个很理性的人，然而从某些事情上看，他又显得有些“感情用事”。
上世纪90年代，同为福建人的生物学家陈章良深陷“恐龙蛋基因研究造假”漩涡，在强大的质疑声中，方舟子始终坚定不移地支持陈章良，甚至到了“谁敢批评陈章良，就打谁的假”的地步。
网络上言辞锋利的方舟子，在朋友眼里，是个“性情温和、不大说话”的人。
好友司马南说：“方舟子是一个不食人间烟火的人，他很纯粹，做事情不屑按世俗常理出牌。”
方玄昌评价他：“生活简朴，大多数时间都花在写作和看书上，平时花费很少，他也极不看重钱财。在我们受袭击之后，有一个南方来的支持者要捐助给他个人一百万，他当场拒绝。”
方舟子称自己有英雄情结，“英雄主义和理想主义是我最重要的两个特点。”他曾在诗里写道：“或者我只是一个路标/为迟来的黑马王子指路/或者我将成为一块化石/千年之后骄傲地向你呈献。”
“我的思维方式很受西方科学传统的影响，有一说一，有二说二。你有多少证据，就说多少话。西方人批评别人是不留情面的，不像中国人要顾脸面。”方舟子说。
“年幼的方舟子就是一个耿直的人，有什么说什么，不会憋屈在心里，他认为老师的话有不合理的地方，就直接指出来，敢跟老师争辩。而他始终有一颗探求世界的好奇心，小学时就经常把老师问倒，有的老师因此不再理会他。”方舟子的老同学柳志栋说。
这么多年过去，方舟子初心不改。他1989年发表在《创世纪》上的诗作《最后的预言》，是他微博头像旁一直保留不变的“座右铭”，或许可以为他的行为做一个注解：“握紧我的手/让我的图腾烙在你的手上/请传递这一把火/直到/百年之后/我所有绝望的嘶叫凝固。”