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国家自然科学基金是国家创新体系的重要组成部分，但是近年来科研不端行为频繁出现，涉及项目申请者、负责人、评审专家、项目依托单位等多个科研主体，严重影响了国家自然科学基金的正常运行和实施效果。项目依托单位的信誉管理是国家自然科学基金信誉管理体系的一个重要内容。在基金委、申请者之间的委托代理关系链中，通过引入依托单位的信誉管理，可以明显减少信息不对称。