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上级规定接受抗菌药物治疗的住院患者微生物检验样本送检率不低于30%，特介绍那些属于微生物检验项目，方便统计。细菌检验为感染性疾病诊断和治疗提供依据。目标性治疗：提高微生物的送检率与检出率，有利于诊断与使用抗菌药。经验治疗：根据本地区病原菌类型时间、区域、耐药谱等使用抗菌药。调整治疗方案针对性用药：获得准确病原菌和细菌药敏结果。
1血液和骨髓培养。目前血液培养仍然是菌血症和败血症的细菌学检验的基本方法，并且广泛地应用于伤寒、副伤寒及其它细菌引起的败血症的诊断。菌血症系病原菌一时性或间断地由局部进入血流，但并不在血中繁殖，无明显血液感染临床征象。常可发生在病灶感染或牙齿感染，尤以拔牙、扁桃体切除及脊髓炎手术后等多见。败血症是指病原菌侵入血流，并在其中大量生长繁殖，造成身体的严重损害，引起显著的全身症状（如不规则高热与全身中毒等症状），它多继发于组织器官感染，尤其是当机体免疫功能低下、广谱抗生素和激素的应用及烧伤等。
2脑脊液培养 。正常人的脑脊液是无菌的，故在脑脊液中检出细菌（排除操作中的污染） 应视为病原菌。引起脑膜炎的细菌种类不同，化脓性脑膜炎病原菌多为脑膜炎奈瑟菌，除此之外尚有肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌等。
3尿液培养。尿液细菌培养对于膀胱和肾脏感染的及早发现和病原学诊断很有价值，对于尿道、前列腺以及内外生殖器的炎症也有一定价值。尿液中出现细菌通常称为菌尿症，如果尿液本身澄清但培养出细菌，一般为标本采集时未彻底消毒尿道口引起。如果细菌培养阳性同时伴有脓尿出现，则提示有尿路感染的可能（需指出轻度感染时可无脓尿出现）。泌尿系感染常见菌为大肠埃希菌、葡萄球菌、链球菌、变形杆菌等，除结核分枝支杆菌外，这些细菌又是尿道口常驻菌，极易引起标本留样污染，应注意鉴别。某些真菌疾病，如曲菌病在播散时也可造成肾脏感染，且尿中也能检查到。
4痰液和咽拭子标本的培养。痰液及支气管分泌物的细菌学检验对于呼吸道疾病的诊断、治疗具有一定的意义。对无法咳痰的患者，用咳嗽后的咽拭子做培养检查，仍是发现致病菌的主要依据。
5粪便标本的培养 。肠道中细菌种类受食物的影响，除人乳喂养的婴儿肠道内以革兰阳性菌为主外，其余的人肠道内均以革兰阴性菌占优势，一般不致病。金黄色葡萄球菌、沙门菌、志贺菌、致病性大肠埃希菌（ETEC、EAEC、EPEC、EIEC、EHEC等）、弧菌属（霍乱弧菌、副溶血弧菌）、气单胞菌、邻单胞菌、小肠结肠炎耶尔森菌、假丝酵母菌、艰难梭菌、结核分枝杆菌、产气荚膜梭菌和弯曲菌等是肠道的致病菌，肺炎克雷伯菌和奇异变形杆菌可引起婴幼儿腹泻。
6生殖道标本的培养 。生殖道标本的细菌学检查对性病诊断和其它细菌感染颇有价值。正常人的内生殖器是无菌的，而外生殖器和男性尿道口、女性阴道口存在着大量细菌。尿道口常有凝固酶阴性葡萄球菌、类白喉杆菌、非致病性抗酸杆菌等，阴道口常见有乳酸杆菌、大肠埃希菌、白假丝酵母菌、类白喉杆菌等。由于生殖器官正常菌群的存在常使细菌学诊断复杂化。因此对阴道、尿道、前列腺和子宫颈分泌物等标本的采集应特别注意生殖道外部情况，以减少杂菌的污染。
7厌氧菌培养。（1）由厌氧菌引起的人类感染在所有感染性疾病中占有相当大的比重，有些部位的感染如脑脓肿、牙周脓肿、盆腔脓肿等80%以上是由厌氧菌引起的，其中一部分是由厌氧菌单独感染，大部分则与需氧菌混合感染。（2）厌氧菌大多感染密闭无氧的组织，故下列标本无送检价值：鼻咽拭子、齿龈拭子、痰和气管抽取物、胃和肠道内容物、肛门拭子、皮肤和黏膜分泌物、阴道或子宫拭子、褥疮溃疡分泌物等。
8真菌培养 。真菌广泛存在于自然界，如假丝酵母菌在人体的口腔、肠道、阴道及皮肤上均可分离出，住院患者的上述标本中假丝酵母菌的分离率可达10～20%。真菌感染常发生在基础代谢差的患者，如大量使用激素、免疫抑制剂、长期广谱抗生素应用者，可引起呼吸道、泌尿道感染，甚至可致败血症、心内膜炎、脑膜炎等严重感染。对痰液、粪便等有正常菌群生长的部位检出的假丝酵母菌，应看数量多少决定治疗的必要性。
9耐甲氧西林葡萄球菌（MRS）的检测。MRS 是methicillin-resistant Staphylococcus 的简称，其耐药本质多由mecA基因介导产生低亲和力的青霉素结合蛋白(penicillin-binding protein) PBP2a , 导致和 β-内酰胺类药物的亲和力降低而呈现耐药。MRS阳性菌株不论其体外药敏结果如何，对青霉素类、头孢菌素类、碳青霉烯类、β-内酰胺/酶抑制剂的复合制剂，均无临床疗效。
10超广谱β-内酰胺酶（ESBLS）的检测。ESBLS是extended-spectrum β-lactamases的简称，由质粒编码产生，产ESBLS的大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌、奇异变形杆菌以及其它肠杆菌科细菌，在临床上可能耐青霉素类、头孢菌素和单环类抗生素。目前实验室主要检测大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌和奇异变形杆菌四种细菌。产ESBLS细菌不论其体外药敏结果如何，应用青霉素类、头孢菌素和氨曲南药物治疗时无临床疗效。
11HLAR（高水平耐氨基糖苷类）肠球菌的检测。HLAR是high-level aminoglycoside resistance 的简称，对于肠球菌治疗而言，氨基糖苷类、头孢类、克林霉素和磺胺类药物无临床疗效，临床应避免使用。但对严重威胁生命的肠球菌感染，如肠球菌引起的心内膜炎，在采用青霉素类或万古霉素（或****拉宁）进行治疗时，对于非HLAR的肠球菌加用庆大霉素或链霉素，常可获得协同作用。
12AmpC酶的推断 。AmpC酶属于Ambler C类或BushⅠ型β-内酰胺酶，由染色体介导产生，亦可由质粒介导产生，主要由肠杆菌属、枸橼酸杆菌属、沙雷菌属、摩根摩根菌和铜绿假单胞菌等细菌产生。AmpC酶能水解大多数青霉素、第一、二、三代头胞菌素和头霉素类抗菌素。
1血液和骨髓培养。目前血液培养仍然是菌血症和败血症的细菌学检验的基本方法，并且广泛地应用于伤寒、副伤寒及其它细菌引起的败血症的诊断。菌血症系病原菌一时性或间断地由局部进入血流，但并不在血中繁殖，无明显血液感染临床征象。常可发生在病灶感染或牙齿感染，尤以拔牙、扁桃体切除及脊髓炎手术后等多见。败血症是指病原菌侵入血流，并在其中大量生长繁殖，造成身体的严重损害，引起显著的全身症状（如不规则高热与全身中毒等症状），它多继发于组织器官感染，尤其是当机体免疫功能低下、广谱抗生素和激素的应用及烧伤等。
2脑脊液培养 。正常人的脑脊液是无菌的，故在脑脊液中检出细菌（排除操作中的污染） 应视为病原菌。引起脑膜炎的细菌种类不同，化脓性脑膜炎病原菌多为脑膜炎奈瑟菌，除此之外尚有肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌等。
3尿液培养。尿液细菌培养对于膀胱和肾脏感染的及早发现和病原学诊断很有价值，对于尿道、前列腺以及内外生殖器的炎症也有一定价值。尿液中出现细菌通常称为菌尿症，如果尿液本身澄清但培养出细菌，一般为标本采集时未彻底消毒尿道口引起。如果细菌培养阳性同时伴有脓尿出现，则提示有尿路感染的可能（需指出轻度感染时可无脓尿出现）。泌尿系感染常见菌为大肠埃希菌、葡萄球菌、链球菌、变形杆菌等，除结核分枝支杆菌外，这些细菌又是尿道口常驻菌，极易引起标本留样污染，应注意鉴别。某些真菌疾病，如曲菌病在播散时也可造成肾脏感染，且尿中也能检查到。
4痰液和咽拭子标本的培养。痰液及支气管分泌物的细菌学检验对于呼吸道疾病的诊断、治疗具有一定的意义。对无法咳痰的患者，用咳嗽后的咽拭子做培养检查，仍是发现致病菌的主要依据。
5粪便标本的培养 。肠道中细菌种类受食物的影响，除人乳喂养的婴儿肠道内以革兰阳性菌为主外，其余的人肠道内均以革兰阴性菌占优势，一般不致病。金黄色葡萄球菌、沙门菌、志贺菌、致病性大肠埃希菌（ETEC、EAEC、EPEC、EIEC、EHEC等）、弧菌属（霍乱弧菌、副溶血弧菌）、气单胞菌、邻单胞菌、小肠结肠炎耶尔森菌、假丝酵母菌、艰难梭菌、结核分枝杆菌、产气荚膜梭菌和弯曲菌等是肠道的致病菌，肺炎克雷伯菌和奇异变形杆菌可引起婴幼儿腹泻。
6生殖道标本的培养 。生殖道标本的细菌学检查对性病诊断和其它细菌感染颇有价值。正常人的内生殖器是无菌的，而外生殖器和男性尿道口、女性阴道口存在着大量细菌。尿道口常有凝固酶阴性葡萄球菌、类白喉杆菌、非致病性抗酸杆菌等，阴道口常见有乳酸杆菌、大肠埃希菌、白假丝酵母菌、类白喉杆菌等。由于生殖器官正常菌群的存在常使细菌学诊断复杂化。因此对阴道、尿道、前列腺和子宫颈分泌物等标本的采集应特别注意生殖道外部情况，以减少杂菌的污染。
7厌氧菌培养。（1）由厌氧菌引起的人类感染在所有感染性疾病中占有相当大的比重，有些部位的感染如脑脓肿、牙周脓肿、盆腔脓肿等80%以上是由厌氧菌引起的，其中一部分是由厌氧菌单独感染，大部分则与需氧菌混合感染。（2）厌氧菌大多感染密闭无氧的组织，故下列标本无送检价值：鼻咽拭子、齿龈拭子、痰和气管抽取物、胃和肠道内容物、肛门拭子、皮肤和黏膜分泌物、阴道或子宫拭子、褥疮溃疡分泌物等。
8真菌培养 。真菌广泛存在于自然界，如假丝酵母菌在人体的口腔、肠道、阴道及皮肤上均可分离出，住院患者的上述标本中假丝酵母菌的分离率可达10～20%。真菌感染常发生在基础代谢差的患者，如大量使用激素、免疫抑制剂、长期广谱抗生素应用者，可引起呼吸道、泌尿道感染，甚至可致败血症、心内膜炎、脑膜炎等严重感染。对痰液、粪便等有正常菌群生长的部位检出的假丝酵母菌，应看数量多少决定治疗的必要性。
9耐甲氧西林葡萄球菌（MRS）的检测。MRS 是methicillin-resistant Staphylococcus 的简称，其耐药本质多由mecA基因介导产生低亲和力的青霉素结合蛋白(penicillin-binding protein) PBP2a , 导致和 β-内酰胺类药物的亲和力降低而呈现耐药。MRS阳性菌株不论其体外药敏结果如何，对青霉素类、头孢菌素类、碳青霉烯类、β-内酰胺/酶抑制剂的复合制剂，均无临床疗效。
10超广谱β-内酰胺酶（ESBLS）的检测。ESBLS是extended-spectrum β-lactamases的简称，由质粒编码产生，产ESBLS的大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌、奇异变形杆菌以及其它肠杆菌科细菌，在临床上可能耐青霉素类、头孢菌素和单环类抗生素。目前实验室主要检测大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌和奇异变形杆菌四种细菌。产ESBLS细菌不论其体外药敏结果如何，应用青霉素类、头孢菌素和氨曲南药物治疗时无临床疗效。
11HLAR（高水平耐氨基糖苷类）肠球菌的检测。HLAR是high-level aminoglycoside resistance 的简称，对于肠球菌治疗而言，氨基糖苷类、头孢类、克林霉素和磺胺类药物无临床疗效，临床应避免使用。但对严重威胁生命的肠球菌感染，如肠球菌引起的心内膜炎，在采用青霉素类或万古霉素（或****拉宁）进行治疗时，对于非HLAR的肠球菌加用庆大霉素或链霉素，常可获得协同作用。
12AmpC酶的推断 。AmpC酶属于Ambler C类或BushⅠ型β-内酰胺酶，由染色体介导产生，亦可由质粒介导产生，主要由肠杆菌属、枸橼酸杆菌属、沙雷菌属、摩根摩根菌和铜绿假单胞菌等细菌产生。AmpC酶能水解大多数青霉素、第一、二、三代头胞菌素和头霉素类抗菌素。