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通过连续监测钟差时序数据，可以快速探测星载原子钟异常，从而确保卫星导航系统的完好性。本文结合广义似然比检验（GLRT）方法和多项式钟差模型，提出了一种新的实时原子钟异常探测与处理方法：首先，基于GLRT方法进行实时异常探测；然后采用多项式钟差模型进行短期钟差外推，在此基础上剔除异常值并以估值代替；最后，利用武汉大学分析中心提供的精密BDS钟差数据进行仿真。验证结果表明，该方法能够快速有效地探测和处理原子钟异常（尤其是频率跳变异常），较好地保证了BDS原子钟数据的完好性。