目的对重庆地区耐多药结核患者结核分枝杆菌进行基因分型,明确该地区基因类型的特征和流行情况。方法连续收集重庆市公共卫生医疗救治中心和重庆市第十二人民医院结核内科2013年7月至2015年3月753例临床诊断为耐多药结核患者的痰液或其他体液,采用液体培养法分离培养分枝杆菌,采用PCR方法对分枝杆菌分离株进行菌种鉴定,并使用多位点数目可变串联重复序列分析(multiple locus variable number of tandem repeat analysis,MLVA)方法进行基因分型。采用Bionumerics Version 3.0和phyloviz软件进行各基因位点的多态性和成簇分析。结果共分离培养出538例耐多药分枝杆菌菌株,经PCR鉴定确认结核分枝杆菌有503例(95.8%),非结核分枝杆菌有35例(4.2%)。北京家族型470例(93.4%,470/503),非北京家族型33例(6.6%,33/503)。503例分枝杆菌菌株共分为348个基因型,其中267例患者分离株为单一基因型,其余236例菌株可归入81个簇,成簇率为30.8%。北京家族型有76个簇,成簇率为30.8%,成簇比例为35.9%,非北京家族型有5个簇,成簇率为30.3%,成簇比例为33.3%。不同特征的耐多药结核人群对结核分枝杆菌北京基因型菌株易感因素分析:感染北京基因型菌株与性别无显著性关联(χ~2=2.68,P>0.05);与年龄呈显著性关联(χ~2=784.00,P<0.05)。结论重庆地区耐多药结核分枝杆菌的基因型存在明显的多态性,北京基因型占绝对优势;不同特征耐多药结核人群感染北京基因型菌株与性别无关,与年龄相关。