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学科建设集成创新是将系统集成理论应用于学科建设，对学科以集成为目的进行创新设计，从而改变传统的资源使用习惯，提高学科有效利用资源的能力。建设集成创新的大学学科的核心在于差别化学科建设战略选择，人才、设施、经费、网络联盟等大学资源的统筹融合，以及学术能力、组织能力、外部能力、管理能力等多种能力的集成。