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PCR用于白血病残留病检测时常利用的靶基因有：染色体平衡易位产生的融合基因及其转录产物、抗原受体基因重排和癌基因。已发现用PCR检测残留病，对t（9；22）+、t（15；17）+、t（12；21）+、t（4；11）+、IgH/TCR重排+白血病具有明确预后和诊断意义，而对t（8；21）+、t（1；19）+、inv（16）+白血病及以WT1基因为靶基因的残留病检测作用并不明确；在与FAB分型符合性方面，MLL基因、WT1基因符合性较差，而t（9；22）、t（15；17）、t（8；21）、inv（16）、t（12；21）、t（1；19）易位、IgH/TCR重排符合性较好。近年又有多种改进的PCR用于残留病检测，包括多重PCR、实时定量RT-PCR、热启动PCR及锅柄PCR、t（9；22）染色体易位分析系统等。