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由于三氟乙酸是一个极强酸性的有机酸，同时具有溶解很多无机物及有机物的能力，使之具有优异的反应性能，从而在医药、农药、染料、氨基酸保护、有机合成、材料处理等领域得到广泛的应用。作为含氟医药、农药和染料的中问体由于三氟甲基基团在医药、农药、染料中表现出优异的活性，三氟乙酸被作为引入三氟甲基基团的主要原料之一，尤其在杂环类除草剂中，三氟乙酸得到了广泛的应用。